●選擇信號(hào)：生物在自然選擇或人工選擇過(guò)程中咆槽，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低墨状、連鎖不平衡等選擇印記寞射。●選擇性清除（selective sweep）：受選擇基因座位的...
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號(hào) -
GATK4.0-vqsr
轉(zhuǎn)載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細(xì)跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
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基于單體型haplotypes的群體選擇信號(hào)的檢測(cè)——EHH & iHS
基于單體型haplotype的選擇信號(hào)的檢測(cè)苫纤。在selective sweeps選擇過(guò)程中谦屑，有些強(qiáng)烈受到選擇的位點(diǎn)variants由于LD的因素會(huì)連帶著其附近的位點(diǎn)varia...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強(qiáng)人工選擇）中奄抽，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化甩鳄，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個(gè)體表型的選擇...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講逞度，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析，也是多響應(yīng)變量（multi-...
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bayenv2.0 檢測(cè)環(huán)境相關(guān)變異位點(diǎn)bayenv是一種貝葉斯方法娩贷，通過(guò)檢測(cè)等位基因頻率和生態(tài)變量之間的相關(guān)性或地理區(qū)域之間的極端等位基因頻率差異來(lái)識(shí)別適應(yīng)當(dāng)?shù)丨h(huán)境的位點(diǎn)第晰。該方法可以從一組基因組變異中估計(jì)種群之間...
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學(xué)習(xí)筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學(xué)<br>
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群體遺傳
一茁瘦、個(gè)體對(duì)群體遺傳組成的影響 生物進(jìn)化是群體遺傳組成隨著時(shí)間的變化而變化。我們的群體由不同的雜交個(gè)體組成储笑，其遺傳組成由每個(gè)個(gè)體攜帶的基因組組成甜熔。由于個(gè)體死亡或個(gè)體進(jìn)出人口的遷...
