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這是ggplot2可視化專題的第三個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...

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1.前言 目的：調整由于技術朴摊，如處理怔揩、上樣锅知、預分植榕、儀器等造成的樣本間誤差。這實際上是一種數(shù)據(jù)縮放的方法庇配。一般在一個表達矩陣中斩跌，會涉及到多個樣本，其表達量差異比較大捞慌，不能直接進...

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1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過表達分析ORA耀鸦、功能分類打分FCS、基于同路拓撲結構PT和基于網(wǎng)絡拓撲結構NT和基因富集分析GSEA卿闹。...

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clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包揭糕，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內容直接翻譯自官方文檔锻霎，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）著角。 一、...

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這篇文獻閱讀筆記比較長蜀细，屬于CUT&RUN比較早的一篇綜述了舟铜。是2017年發(fā)表在eLife上的。這篇文章通過把CUT&RUN與ChIP等方法從各個方面進行了比較奠衔，詳細的說明了...

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寫在前面：新手老菜鳥谆刨，個人心得塘娶，不足之處歡迎交流指正；寫作不易痊夭，轉載前請聯(lián)系我征得同意刁岸，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...

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關于相關性她我，表示數(shù)據(jù)之間的相互依賴關系虹曙。但需要注意，數(shù)據(jù)具有相關性不一定意味著具有因果關系番舆。 相關性在組學數(shù)據(jù)挖掘中應用非常廣酝碳，如樣本的重復檢驗、基因的共表達分析合蔽、微生物群落...

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轉錄組學習一（軟件安裝） 轉錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉錄組學習三（數(shù)據(jù)質控） 轉錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉錄組學習五（reads的比對與samtoo...

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之前有一次击敌，我導說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”介返，因此拴事，我尋找了一些實現(xiàn)這個需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后圣蝎，最終用ggplot2畫了刃宵。。徘公。其它方法簡單地...

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DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣牲证。2.DESeq2要求矩陣是沒有標準化的。D...

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對于非模式生物或者無參考基因組的項目关面，經(jīng)常需要進行基因的功能注釋坦袍，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息等太，例如interproscan捂齐、eggn...

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Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質家族、結構域和功能位點的非冗余蛋白質特征序列數(shù)據(jù)庫缩抡， Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coils 奠宜、Gene3D、Pfam...