m6A修飾是真核RNA中最豐富的共轉(zhuǎn)錄修飾，在細(xì)胞調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。近日，《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表了一種基于注意力的深度學(xué)習(xí)方法ad...
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數(shù)據(jù)分析工具推薦 | adaptive-m6A：從RNA序列中鑒定物種特異性m6A修飾位點(diǎn) -
熱點(diǎn)綜述 | 基于人工智能的多組學(xué)分析助力癌癥精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究多組學(xué)技術(shù)和人工智能算法的同步發(fā)展推動(dòng)了癌癥精確醫(yī)學(xué)的發(fā)展。2023年1月《Seminars in Cancer Biology》發(fā)表了一篇綜述文章，全面總結(jié)了基于人工智能的...
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NC | 使用GraphST對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行空間信息聚類、整合和去卷積空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)生成具有空間背景的基因表達(dá)譜邻薯，需要空間信息分析工具來(lái)完成三個(gè)關(guān)鍵任務(wù)：空間聚類、多樣本整合和細(xì)胞類型去卷積恩尾。近日弛说，《Nature Communications》...
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疾病研究資源 | 用于評(píng)估疾病相關(guān)性的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)、計(jì)算方法和工具探索疾病之間的潛在關(guān)系一直是一個(gè)活躍的研究領(lǐng)域翰意。2022年《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表了一篇綜述文章木人，為當(dāng)前的疾病關(guān)聯(lián)研究提供了一個(gè)系統(tǒng)的概...
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Nature子刊 | 將對(duì)應(yīng)分析（CA）應(yīng)用于scRNA-seq數(shù)據(jù)的降維信柿、批量整合和可視化有效降維對(duì)于scRNA-seq分析至關(guān)重要。主成分分析（PCA）被廣泛使用醒第，但需要連續(xù)的渔嚷、正態(tài)分布的數(shù)據(jù)；因此稠曼，它經(jīng)常與scRNA-seq應(yīng)用中的對(duì)數(shù)變換相結(jié)合形病，這可能會(huì)扭曲...
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數(shù)據(jù)分析工具推薦 | bulkAnalyseR：用于分析和共享批量多組學(xué)數(shù)據(jù)的交互式工具包批量測(cè)序?qū)嶒?yàn)（單組學(xué)和多組學(xué)）對(duì)于探索廣泛的生物學(xué)問(wèn)題至關(guān)重要。為了促進(jìn)交互式霞幅、探索性任務(wù)以及共享易于訪問(wèn)的信息漠吻，《Briefings in Bioinformatics》發(fā)...
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BASS：為單細(xì)胞分辨率的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)提供多尺度和多樣本分析
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究正在達(dá)到單細(xì)胞空間分辨率，數(shù)據(jù)通常來(lái)自多個(gè)組織切片司恳⊥灸耍《Genome biology》發(fā)表了一種計(jì)算方法BASS，支持單細(xì)胞分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的多尺度和多樣本分...
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熱點(diǎn)綜述 | 腫瘤微環(huán)境中的細(xì)胞間通信推斷和分析：數(shù)據(jù)資源和計(jì)算策略
量化腫瘤微環(huán)境（TME）中各種細(xì)胞類型之間和內(nèi)部的串?dāng)_扔傅，有助于開發(fā)用于腫瘤靶向治療的工具耍共。《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表了一篇綜述文章猎塞，介紹了...
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Nature子刊 | 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)及其發(fā)展方向
2022年10月《Nature Biotechnology》發(fā)表了一篇空間轉(zhuǎn)錄組（ST）技術(shù)的綜述文章试读，詳細(xì)描述了現(xiàn)有的ST技術(shù)及其發(fā)展方向。 檢測(cè)生物分子的新技術(shù)一直是生物...
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Life Med綜述 | 時(shí)空組學(xué)技術(shù)在病理應(yīng)用中的革命性意義
近日荠耽，中國(guó)科學(xué)院院士钩骇、陸軍軍醫(yī)大學(xué)第一附屬醫(yī)院病理科主任卞修武院士，以色列魏茨曼科學(xué)研究院Ido AMIT教授聯(lián)合華大生命科學(xué)研究院徐訊研究員及西南團(tuán)隊(duì)骇塘，在國(guó)際期刊Life ...
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EmAtlas：探索哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)育時(shí)空動(dòng)態(tài)的綜合圖譜
胚胎發(fā)育研究的重要性日益顯現(xiàn)伊履，這迅速增加了與多組學(xué)數(shù)據(jù)相關(guān)專業(yè)資源的數(shù)量韩容。然而款违，缺乏全球胚胎發(fā)育庫(kù)和系統(tǒng)分析工具，限制了干細(xì)胞研究群凶、人類先天性疾病和輔助生殖領(lǐng)域的發(fā)展插爹。202...
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BT × IT | DeepST：通過(guò)深度學(xué)習(xí)識(shí)別空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)中的空間域
識(shí)別空間域（即在基因表達(dá)和組織學(xué)上具有空間相關(guān)性的區(qū)域）是空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)中最重要的課題之一。近日请梢，《Nucleic Acids Research》發(fā)表了一個(gè)準(zhǔn)確且通用的深度學(xué)習(xí)...
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重磅發(fā)布 | 時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)STOmicsDB赠尾，“一站式”賦能時(shí)空組學(xué)研究！2022年10月29日毅弧，由深圳國(guó)家基因庫(kù)和深圳華大生命科學(xué)研究院共同研發(fā)的時(shí)空組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)V1.0版本（STOmicsDB）在國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)（CNGBdb）正式上線气嫁，...
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Science Advances：利用iSpatial對(duì)全基因組空間表達(dá)進(jìn)行精確推斷空間分辨轉(zhuǎn)錄組分析可以揭示組織結(jié)構(gòu)和環(huán)境依賴性細(xì)胞-細(xì)胞或細(xì)胞-環(huán)境相互作用的分子機(jī)制。由于目前的技術(shù)限制够坐，以單細(xì)胞分辨率獲得全基因組空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)挑戰(zhàn)寸宵。近日崖面，《Scien...
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實(shí)用分析工具推薦 | OmicsView：交互式可視化分析多組學(xué)數(shù)據(jù)隨著NGS技術(shù)的進(jìn)步，許多疾病中人體組織的轉(zhuǎn)錄譜分析變得越來(lái)越常規(guī)梯影，在公共存儲(chǔ)庫(kù)中已存儲(chǔ)了PB級(jí)的數(shù)據(jù)巫员。目前需要計(jì)算專業(yè)知識(shí)有限的實(shí)驗(yàn)室科學(xué)家能夠訪問(wèn)和挖掘這些數(shù)據(jù)，以了解疾...
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Cell子刊 | 舉四個(gè)例子甲棍，教你復(fù)雜疾病多組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)研究策略全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）為復(fù)雜疾病的遺傳基礎(chǔ)提供了見(jiàn)解简识。在下一步中，綜合多組學(xué)方法可以表征相關(guān)原發(fā)組織中的分子特征感猛，以揭示疾病發(fā)展的機(jī)制七扰。近日，《Trends in Ge...
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RISynG：用于癌癥亞型識(shí)別的新型多組學(xué)聚類算法癌癥亞型識(shí)別是推進(jìn)個(gè)性化抗癌治療的關(guān)鍵步驟之一陪白。然而目前從多組學(xué)數(shù)據(jù)中識(shí)別最相關(guān)的特征并系統(tǒng)地整合它們?nèi)匀淮嬖诰窒扌源链纭＝眨禨cientific Reports》發(fā)表了一種...
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Nature子刊：高通量蛋白質(zhì)組學(xué)方法學(xué)綜述在后基因組時(shí)代拷泽，蛋白質(zhì)組學(xué)在生物醫(yī)學(xué)研究中發(fā)揮著重要作用疫鹊。近日，Nature子刊《Laboratory Investigation》發(fā)表了一篇高通量蛋白組的mini-revi...
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熱點(diǎn)綜述 | 縱向微生物組研究的統(tǒng)計(jì)方法總結(jié)縱向微生物組研究可以捕捉微生物組內(nèi)的時(shí)間變化司致，以獲得對(duì)微生物系統(tǒng)的機(jī)理認(rèn)識(shí)拆吆。近日，《Briefings in Bioinformatics》發(fā)表綜述文章脂矫，回顧了縱向微生物組研...