基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測）散在重復(fù)（Dispersed repeats），...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對基因組影響 -
小江同學(xué)
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基因功能注釋根據(jù)已有的蛋白庫，對從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對，從而獲得相應(yīng)的信息制圈。 常用的數(shù)據(jù)庫： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫，包括PDB, Swiss-Prot, PIR...
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基因家族專題(3)：基因家族成員的鑒定
Data preparation 繼續(xù)上次的內(nèi)容畔况，下載好數(shù)據(jù)后就可以正式開始鑒定了鲸鹦。首先回顧一下，下載好的數(shù)據(jù)跷跪。 基因組序列信息馋嗜，存儲基因組序列信息的.fasta文件。還有其...
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#Python#提取基因?qū)?yīng)的蛋白質(zhì)名提取基因?qū)?yīng)的蛋白質(zhì)官方名 最開始吵瞻，是需要將基因跟其編碼的蛋白質(zhì)對應(yīng)起來葛菇，找遍了各種數(shù)據(jù)庫都沒發(fā)現(xiàn)有相關(guān)的注釋文件，Uniprot作為處理蛋白質(zhì)的大佬橡羞，結(jié)果里都有眯停，肯定有辦法...
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Motif和domain的區(qū)別Protein domain： 結(jié)構(gòu)域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定義結(jié)構(gòu)域為可以自動折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位卿泽。過去莺债，結(jié)構(gòu)域被描述為，折疊單位签夭，致密結(jié)...
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基因家族擴張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（下）最近剛返校齐邦，事情比較多，每天也很忙第租，之前寫的《基因家族擴張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）》也一直沒來得及更新侄旬，缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面的可視化。最近在簡書上也收到了...
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華中農(nóng)業(yè)大學(xué)<br>園藝植物生物學(xué)教育部重點實驗室
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GEO數(shù)據(jù)庫挖掘—生信技能樹B站視頻以下是B站生信技能樹GEO數(shù)據(jù)庫挖掘的課程筆記 主要內(nèi)容及學(xué)習(xí)目的： 介紹GEO數(shù)據(jù)庫：了解數(shù)據(jù)存放位置； 介紹GSE項目的3種下載方式璧诵； 介紹ID轉(zhuǎn)換：使用R語言技巧實現(xiàn)基...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-統(tǒng)計方法與模型簡介1、基本統(tǒng)計學(xué)概念 假設(shè)檢驗? 零假設(shè)(H0):即原假設(shè)? 備擇假設(shè)(H1):與零假設(shè)對立的假設(shè)? 計算零假設(shè)(H0)成立的概率? 如果H0成立的概率很低(e.g. 5% o...
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歡迎關(guān)注微信公眾號<生信修煉手冊><br>關(guān)注公眾號，可以加入微信群等缀，一起交流溝通
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計算bam文件中比對上基因組的reads以及合并多個bam文件
參考文章：1.如何統(tǒng)計BAM文件中的reads數(shù)2.Samtools常用命令的總結(jié) 當(dāng)你有很多個bam文件時，想知道這些bam文件里有多少個比對上的reads噪裕，并且把它們輸出...
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理解SAM文件格式以及過濾sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等測序的上游分析流程里的比對步驟相信大家都知道蹲盘，我之前也只是按照各種教程去走流程，并沒有仔細(xì)的研究過每一步的內(nèi)容膳音。今天這篇文章學(xué)習(xí)一下sa...
