這篇筆記是幾個(gè)視頻內(nèi)容的綜合，每個(gè)視頻里我只選取了幾張PPT。主講人舉例了一篇已經(jīng)發(fā)表的文章來(lái)進(jìn)行具體的流程分析。這篇文章里的外顯子數(shù)據(jù)分析基本是一個(gè)比較標(biāo)準(zhǔn)的流程。樣品是來(lái)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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Broad Institue視頻筆記：Variant Calling with HaplotypeCaller -
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10X單細(xì)胞軌跡分析之回顧清明節(jié)了器虾，放假期間好好放松一下自己讯嫂，但是我仍然記得大學(xué)老師說(shuō)過(guò)的一句話，放假休息的同時(shí)兆沙，總結(jié)過(guò)去欧芽，展望以后，所以說(shuō)假期是一個(gè)承前啟后的時(shí)間段葛圃，今天我們不講新的東西千扔，而是回顧一...
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【r<-包】管理你的R包——pacman包介紹
Tyler W. Rinker & Dason Kurkiewicz翻譯：詩(shī)翔 pacman包是一個(gè)整合了基礎(chǔ)包library相關(guān)函數(shù)的包憎妙，用于更方便地對(duì)R包進(jìn)行管理。該包可...
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WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇，也講到了對(duì)于sam文件如何考慮MAPQ的過(guò)濾龙誊，這篇我主要想記錄一下bam文件在進(jìn)行call variation之前的處理抚垃。??...
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WGS分析筆記（4）—— Call SNVs/indels??最近一直忙期末匯報(bào)和腳本編寫(xiě)，沒(méi)來(lái)的及接著往下寫(xiě)文章载迄，年前把這一塊寫(xiě)了讯柔，然后再往下的分析流程就比較特異性了，做一步寫(xiě)一步那種护昧，相對(duì)于這種已經(jīng)常規(guī)化的流程（除了一些細(xì)節(jié)上的...
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bcftools 替代samtools 產(chǎn)生vcf
使用samtools 1.10 發(fā)現(xiàn)不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call 中有 -c -m 參數(shù) 理解是 -c 用來(lái)call...
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單細(xì)胞學(xué)習(xí)筆記最近在學(xué)單細(xì)胞測(cè)序魂迄，學(xué)習(xí)了B站生信技能書(shū)樹(shù)的單細(xì)胞教程，https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn[https://www.bil...
