最近想將單細(xì)胞數(shù)據(jù)從Seurat轉(zhuǎn)還到H5AD格式，但發(fā)現(xiàn)Seurat V5直接轉(zhuǎn)換會(huì)報(bào)錯(cuò)涝动。這里記錄一下解決的方案柳恐。 直接轉(zhuǎn)換會(huì)報(bào)錯(cuò) Error in assay.group...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：澳門
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R-Seurat V5 to H5AD
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的右核，儲(chǔ)存受體甘桑、配體以及兩種相互作用...
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enONE最近開發(fā)了一個(gè)R包绘证，enONE（https://github.com/thereallda/enONE[https://github.com/thereallda/enONE...
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有可能是前面Normalize問題缩抡。
R-Seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程
Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對(duì)象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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關(guān)于非模式物種的基因組相關(guān)文件我沒有處理過奠宜，不是很了解。這里分別提供不同的bed文件是為了分別計(jì)算19號(hào)和X染色體的信號(hào)瞻想。
使用deeptools生成ChIP-seq信號(hào)熱圖與譜圖
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具压真。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計(jì)算特定基因組...
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總的來說是需要將raw counts轉(zhuǎn)換成tokenized data内边。首先是要在loom文件加上一些metadata榴都，這個(gè)你可以參考我上一篇關(guān)于scanpy的（http://www.reibang.com/p/499048a34fdb）文章總結(jié)部分后面寫到。接著要用Geneformer提供的tokenizer進(jìn)行處理
```
# applying fine-tuned model on new datasets
# using the 3k PBMCs dataset
# 1. transform scRNA-seq expression data to rank value .dataset format
from geneformer import TranscriptomeTokenizer
tk = TranscriptomeTokenizer({"cell_type": "cell_type", "organ_major": "organ_major"}, nproc=4)
tk.tokenize_data("D:/jupyterNote/pySC/output/", output_directory="token_data/", output_prefix="tk_pbmc3k")
```
這篇文章里的這一段就是進(jìn)行tokenize的漠其，`tk.tokenize_data`輸入的第一個(gè)參數(shù)提供的是包含了loom文件的路徑嘴高。從這里接著下去應(yīng)該就可以了竿音。Geneformer | 細(xì)胞注釋
Geneformer 是一個(gè)基于30M scRNA-seq data訓(xùn)練的Transformer模型，訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官拴驮。Geneformer可以用于細(xì)胞水平的分...
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@洪曉齡
大家共同學(xué)習(xí)
R-Seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程
Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對(duì)象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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大家一起學(xué)習(xí)??in_silico_perturbation我機(jī)器不知道為啥帶不動(dòng)了春瞬，所以就沒跑了。但我都是跟著他們官方教程做的（https://huggingface.co/ctheodoris/Geneformer/blob/main/examples/in_silico_perturbation.ipynb）套啤，你也可以試著看看宽气。
Geneformer | 基因分類預(yù)測(cè)
Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細(xì)胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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Geneformer | 基因分類預(yù)測(cè)Gene Classification 上一篇文章寫了用Geneformer如何做細(xì)胞分類[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
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Geneformer | 細(xì)胞注釋Geneformer 是一個(gè)基于30M scRNA-seq data訓(xùn)練的Transformer模型，訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括人類的多種組織器官潜沦。Geneformer可以用于細(xì)胞水平的分...
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scanpy | 基本單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文記錄使用scanpy處理3k PBMCs scRNA-seq數(shù)據(jù)的流程萄涯。 環(huán)...
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GSA、GSEA唆鸡、ssGSEA涝影、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一、 簡(jiǎn)述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息争占，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生燃逻。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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@e98fb4d676c8 是的臂痕，這里應(yīng)該是`deid`伯襟。感謝指正，文章已經(jīng)修改了握童。
R實(shí)戰(zhàn) | TCGA數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)--BRCA篇
本文寫于觀看生信技能樹公眾號(hào)（vx: biotrainee）的七步走純R代碼通過數(shù)據(jù)挖掘復(fù)現(xiàn)一篇實(shí)驗(yàn)文章（第1到6步）[https://mp.weixin.qq.com/s/...
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這個(gè)情況我好像沒有遇到過姆怪。你可以看看”/etc/rstudio/rsession.conf“這個(gè)文件是不是有什么可以調(diào)整的設(shè)置。我的只有以下這些內(nèi)容：
# R Session Configuration File
# user's package library path
r-libs-user=~/R/packages
# CRAN Repository
r-cran-repos=https://cran.r-project.org/R | RStudio-server 配置
RStudio-server合集R | RStudio-server 安裝[http://www.reibang.com/p/fc944bd4e925]R | RStudi...
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R包sva去除批次效應(yīng)關(guān)于sva包 sva的用戶說明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
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R-抽樣本文簡(jiǎn)單介紹幾種重抽樣方法 (in R)舆瘪。 Permutation[#permutation] Bootstrap[#bootstrap] Jackknife[#jackkn...
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R-搭建R包
本文簡(jiǎn)單記錄R包開發(fā)的流程 準(zhǔn)備 創(chuàng)建R包需要用到 devtools片效，以及usethis 創(chuàng)建Git repo （可選） 如果需要使用Git管理R包红伦，我們先要在GitHub上...
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@efdc8593f87f 解決就好??主要是看“argument ".f" is missing”英古，一般是purrr包里的reduce才要`.f`這個(gè)參數(shù)，IRanges包里的reduce是不用那個(gè)參數(shù)的昙读。這種就是引用特定包里的函數(shù)就可以了召调。
R-獲取基因長(zhǎng)度
通常，在計(jì)算TPM或RPKM/FPKM等基因表達(dá)量時(shí)蛮浑，除了基因的counts信息外唠叛，我們還需要知道基因的長(zhǎng)度。這里所用到的基因長(zhǎng)度并不是某個(gè)基因在基因組上的完整長(zhǎng)度沮稚。在基因表...
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這有可能是reduce的問題艺沼，要用IRanges::reduce。sum(width(IRanges::reduce(exons.list.per.gene))) 試試吧蕴掏，我跑這段是沒問題的障般。
R-獲取基因長(zhǎng)度
通常调鲸，在計(jì)算TPM或RPKM/FPKM等基因表達(dá)量時(shí)，除了基因的counts信息外挽荡，我們還需要知道基因的長(zhǎng)度藐石。這里所用到的基因長(zhǎng)度并不是某個(gè)基因在基因組上的完整長(zhǎng)度。在基因表...
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R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受定拟，終于有空再發(fā)點(diǎn)筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...