R語(yǔ)言傳參快速使用腳本 簡(jiǎn)便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
IP屬地：廣東
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R語(yǔ)言傳參2022-08-24
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基礎(chǔ)——illumina測(cè)序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測(cè)序的數(shù)據(jù)驱入，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS多矮，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測(cè)序公司了，其經(jīng)典的邊合成邊測(cè)序（sequencin...
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R語(yǔ)言數(shù)據(jù)處理替換操作（含gsub函數(shù)常用示例）——實(shí)戰(zhàn)單細(xì)胞信息注釋函數(shù) 2022-07-01
適用背景 在R語(yǔ)言中登失，我們需要對(duì)字符串遏佣、向量和數(shù)據(jù)框等數(shù)據(jù)類(lèi)型進(jìn)行替換操作，有時(shí)候是因?yàn)樾枰鼡Q別名揽浙，有時(shí)候是因?yàn)閿?shù)據(jù)存在錯(cuò)誤需要修正状婶，有時(shí)候則是因?yàn)樾枰獎(jiǎng)h除某些信息。本文將...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上馅巷，或者找不到基因膛虫，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt钓猬，另外還查到NCB...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評(píng)估物種倍性后稍刀，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查，用組合KMC+GenomeS...
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Seurat提速——并行化（future包）2022-06-07關(guān)鍵詞 Parallelization in Seurat Seurat 并行化 Seurat 加快運(yùn)行速度 Seurat 并行運(yùn)算 Seurat 提高效率 Seurat 加...
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空間組數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來(lái)敞曹，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序異痴嗽拢火爆，而與其類(lèi)似的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序很有可能成為...
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HiC相關(guān)概念總結(jié)前言 ??現(xiàn)在想來(lái)接觸HiC的數(shù)據(jù)也有幾個(gè)月的時(shí)間了澳迫，就想著總結(jié)一下關(guān)于HiC的一些特定名詞局齿，下面一張圖基本完美詮釋了基因組的3D結(jié)構(gòu)以及分析時(shí)經(jīng)常見(jiàn)到的名詞： 轉(zhuǎn)載內(nèi)容 ?...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書(shū)推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”纲刀。這是兩個(gè)完全不同的概念项炼，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
