R語言傳參快速使用腳本 簡便版 進(jìn)階版 getopt方法 optparse方法1 optparse方法2 R使用getopt包傳參 補(bǔ)充：系統(tǒng)自帶的傳參方法commandAr...
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R語言傳參2022-08-24
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基礎(chǔ)——illumina測序原理與細(xì)節(jié)（以RNA-seq為例）目前我們主要分析的數(shù)據(jù)還是二代測序的數(shù)據(jù)畔咧，也就是大家經(jīng)常掛在嘴邊的 NGS极颓，而這其中最大的贏家應(yīng)該算是 illumina 測序公司了僚楞，其經(jīng)典的邊合成邊測序（sequencin...
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R語言數(shù)據(jù)處理替換操作（含gsub函數(shù)常用示例）——實(shí)戰(zhàn)單細(xì)胞信息注釋函數(shù) 2022-07-01
適用背景 在R語言中敷存，我們需要對字符串部蛇、向量和數(shù)據(jù)框等數(shù)據(jù)類型進(jìn)行替換操作窍帝，有時候是因?yàn)樾枰鼡Q別名趋观，有時候是因?yàn)閿?shù)據(jù)存在錯誤需要修正，有時候則是因?yàn)樾枰獎h除某些信息懂牧。本文將...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上缝驳，或者找不到基因，這時候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換归苍。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評估物種倍性后运怖，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查拼弃，用組合KMC+GenomeS...
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Seurat提速——并行化（future包）2022-06-07關(guān)鍵詞 Parallelization in Seurat Seurat 并行化 Seurat 加快運(yùn)行速度 Seurat 并行運(yùn)算 Seurat 提高效率 Seurat 加...
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空間組數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來吻氧，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序異常火爆咏连，而與其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測序很有可能成為...
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HiC相關(guān)概念總結(jié)前言 ??現(xiàn)在想來接觸HiC的數(shù)據(jù)也有幾個月的時間了盯孙，就想著總結(jié)一下關(guān)于HiC的一些特定名詞，下面一張圖基本完美詮釋了基因組的3D結(jié)構(gòu)以及分析時經(jīng)常見到的名詞： 轉(zhuǎn)載內(nèi)容 ?...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡書推送祟滴，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯誤地描述為“全基因組共線性”振惰。這是兩個完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平垄懂，蛋白的保守性很...
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Hi-C | 基礎(chǔ)介紹一骑晶、技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種，例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法草慧。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome Conformatio...
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Hi-C技術(shù)發(fā)展一桶蛔、 Hi-C Hi-C(High-through chromosome conformation capture )技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome confo...
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被子植物系統(tǒng)發(fā)育位置 雜記被子植物中，無油樟目（Amborellales）漫谷、睡蓮目（Nymphaeales）和木蘭藤目（Austrobaileyales）并稱基部被子植物類群仔雷，取首字母組合成了ANA ...
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收錄比較基因組學(xué)碟婆，進(jìn)化基因組學(xué)电抚，群體基因組學(xué)，分子進(jìn)化脑融，及相關(guān)領(lǐng)域的各類文章喻频。特別地。由于是簡書肘迎，建樹的內(nèi)容當(dāng)然是必不可少了甥温。 歡迎大家投稿
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關(guān)心一下你的研究材料释涛？農(nóng)林牧漁~寫在前面 很多時候加叁，我們會看到一些文稿，上來就是“我研究的物種如何如何重要”唇撬。其中它匕，最有說服力的，或許就是窖认，基于“FAO STAT”豫柬，品類產(chǎn)量幾何幾何。以前扑浸，我也不多關(guān)注這個...
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chromosome---基因家族成員在染色體上的分布及共線性圖首先介紹如何在染色體上標(biāo)注基因家族成員位置烧给。先上圖： 要實(shí)現(xiàn)這個圖需要準(zhǔn)備兩個文件，一個基因組格式化的fai文件喝噪，該文件的獲取在： 需要注意的一點(diǎn)是础嫡，有些同學(xué)可能動過了自己的...
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全球首次！中國熱科院椰子所聯(lián)合華大基因公布海南檳榔全基因組
近日酝惧，中國熱科院椰子所聯(lián)合華大基因完成了檳榔（Areca catechuL.）基因組測序拼接及分析工作驰吓，全球首次完成及公布海南檳榔全基因組測序。研究成果以“Chromosom...
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從fasta文件中批量提取特定序列
如題系奉，目的是從fasta文件中批量提取特定的基因序列.實(shí)現(xiàn)辦法有幾種： perl腳本：CSDN博主「little^raccoon」的原創(chuàng)文章perl實(shí)現(xiàn)根據(jù)序列ID從提取fa...
