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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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Matrix eQTL分析目前針對(duì)QTL分析有很多軟件晨另，比如Plink、 Merlin谱姓、R/qtl借尿、FastMap等等,今天給大家分享一下如何使用Matrix eQTL進(jìn)行分析。首先我們先了解一下什么...
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求一個(gè)OPLS-DA的模型驗(yàn)證 permutation Test的R代碼??
理解OPLS-DA分析的原理和結(jié)果圖
OPLS-DA：正交篇最小二乘法判別分析 原理： OPLS-DA不同于PCA茂契，它是一種有監(jiān)督的判別分析統(tǒng)計(jì)方法。運(yùn)用偏最小二乘回歸建立代謝物表達(dá)量與樣本類別之間的關(guān)系模型嘹黔，來...
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理解OPLS-DA分析的原理和結(jié)果圖OPLS-DA：正交篇最小二乘法判別分析 原理： OPLS-DA不同于PCA账嚎，它是一種有監(jiān)督的判別分析統(tǒng)計(jì)方法。運(yùn)用偏最小二乘回歸建立代謝物表達(dá)量與樣本類別之間的關(guān)系模型儡蔓，來...
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公眾號(hào) R語言數(shù)據(jù)分析指南秉撇，歡迎大家關(guān)注
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IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經(jīng)我用 rMATS 進(jìn)行可變剪切分析，現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下琐馆。 In su...
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ChIP-seq實(shí)踐（非轉(zhuǎn)錄因子规阀，非組蛋白）在實(shí)戰(zhàn)之前，首先對(duì)CHIP-seq分析做一些了解瘦麸，以下是從各個(gè)地方copy過來綜合起來的谁撼，有些散亂，是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識(shí)點(diǎn)滋饲。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心了赌，又辜負(fù)了努力
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在NCBI查找指定物種基因組信息【原創(chuàng)】在NCBI查找指定物種基因組信息 生信分析中經(jīng)常需要查找指定物種的基因組信息墨榄。如：基因組相關(guān)分析中需要借助已有基因組輔助基因組組裝及基因預(yù)測；轉(zhuǎn)錄組同樣查找已有基因組...
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生信分析常見文件格式說明【原創(chuàng)】生信分析常見文件格式說明 生信分析中經(jīng)常會(huì)遇到各種格式特殊的文件勿她，例如：fasta袄秩、gff、gtf逢并、gbk之剧、m8、sam/bam砍聊、vcf 等背稼；本文主要就生信分析中常見...
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你好帘腹，有個(gè)問題請(qǐng)教一下
如果是個(gè)非常見物種，最后那個(gè)基因注釋文件（annotation）要怎么獲得许饿？現(xiàn)有基因組序列文件以及GFF文件阳欲，感謝??200904 Circ之旅4.1-Circexplorer2
Circexplorer2 參考文檔： CIRCexplorer2手冊(cè) tophat的安裝與使用 這個(gè)主要記錄一下使用Circexplorer2的流程 目前已經(jīng)通過之前的步驟...
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應(yīng)該是最新最詳細(xì)的MUMmer中文使用說明如何使用MUMmer比對(duì)大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候球化，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較瓦糟，用的都是BLAST或FASTA通過逐個(gè)基因聯(lián)配的方...
