您好，請(qǐng)問這個(gè)關(guān)聯(lián)分析的閾值應(yīng)該如何確定呢跪解？
潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強(qiáng)人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性叉讥，隨著環(huán)境變量的改變而變化窘行，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個(gè)體表型的選擇...
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件罐盔，還可以對(duì)進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評(píng)估，功能非常強(qiáng)大惶看，要說缺點(diǎn)捏顺，可能就是真的有點(diǎn)慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹幅骄，這...
你好我想請(qǐng)教一下這個(gè)marker-rsq是表示這個(gè)位點(diǎn)的貢獻(xiàn)率嗎本今，等同于其他軟件，比如說GCTA中的beta值嗎冠息？有tassel GWAS的其中一個(gè)結(jié)果文件*mlm3里面有每個(gè)位點(diǎn)不同allele的effect size挪凑，這個(gè)又衡量的是什么呢？期待感謝您的回復(fù)躏碳。
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動(dòng)植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對(duì)進(jìn)化模式以及連鎖不平衡進(jìn)行評(píng)估瓮孙，功能非常強(qiáng)大，要說缺點(diǎn)杭抠，可能就是真的有點(diǎn)慢脸甘。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹偏灿，這...
今天學(xué)習(xí)到一個(gè)名詞，無偏估計(jì)翁垂。如何理解“不論總體服從什么分布，樣本均值是總體均值的無偏估計(jì)量”這句話沿猜，什么是無偏估計(jì)呢枚荣？ 均值的無偏估計(jì) 比如我們想知道一個(gè)群體的平均身高啼肩，但...
ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的算法，相關(guān)文章發(fā)表在2...
@點(diǎn)點(diǎn)_16b5 包含兩列害碾，一列是chr(列名)，一列是end(列名）
pi, Fst, dxy, fd的計(jì)算有許多不同的統(tǒng)計(jì)量可以衡量差異選擇的區(qū)域或基因滲入障礙的區(qū)域赦拘。這里介紹常用的四個(gè)統(tǒng)計(jì)量的計(jì)算： pi, 衡量遺傳多樣性 Fst, 衡量群體分化程度 dxy, 對(duì)核苷酸多樣性絕...
這是2017年哈佛大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)教授Shamil R. Sunyaev發(fā)表在Science上的一篇文章。 背景 負(fù)選擇是自然選擇很重要的一種阁猜，通過剔除有害突變，保證物種不...
這個(gè)文件可以自己構(gòu)建蹦漠，就是一個(gè)包含染色體長(zhǎng)度信息的文件
pi, Fst, dxy, fd的計(jì)算有許多不同的統(tǒng)計(jì)量可以衡量差異選擇的區(qū)域或基因滲入障礙的區(qū)域。這里介紹常用的四個(gè)統(tǒng)計(jì)量的計(jì)算： pi, 衡量遺傳多樣性 Fst, 衡量群體分化程度 dxy, 對(duì)核苷酸多樣性絕...
可視化是一個(gè)重要工具隘击，但是我們需要把數(shù)據(jù)整理成正確的形式來進(jìn)行可視化。 通常研铆，需要?jiǎng)?chuàng)建一些新的變量或摘要埋同，或者重命名變量或?qū)τ^察值進(jìn)行重新排序棵红，以使數(shù)據(jù)可視化起來更容易一些凶赁。...
可視化是一個(gè)重要工具虱肄，但是我們需要把數(shù)據(jù)整理成正確的形式來進(jìn)行可視化。通常交煞，需要?jiǎng)?chuàng)建一些新的變量或摘要咏窿，或者重命名變量或?qū)τ^察值進(jìn)行重新排序素征，以使數(shù)據(jù)可視化起來更容易一些集嵌。接...
學(xué)習(xí)tidyverse - 數(shù)據(jù)可視化(1)[http://www.reibang.com/p/506900640a2d] Prerequisites[https://r4...
@wow咪來哆 可以根欧，基因型是一個(gè)分類變量端蛆，把indel設(shè)置成一種新的變量就可以了凤粗，比如說3
基于Vcf文件進(jìn)行基因單倍型分析單倍型今豆，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡(jiǎn)稱嫌拣，在遺傳學(xué)上是指...
sorry, 有的內(nèi)容我沒試過，Command + Option + 拖拽文件 可以瘦馍，我更新一下
Mendeley文件管理Personal Web Space 每個(gè)人注冊(cè)了Mendeley賬號(hào)之后都可以獲得免費(fèi)的2G云盤（Personal Web Space）歼秽，需要額外的空間則需要升級(jí)賬號(hào)。點(diǎn)擊...
@Lisa_940c 你可以檢查一下你的輸入變量是不是對(duì)應(yīng)蕉陋，檢查行列數(shù)，數(shù)據(jù)類型等
基于Vcf文件進(jìn)行基因單倍型分析單倍型拨扶，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡(jiǎn)稱凳鬓，在遺傳學(xué)上是指...
bayenv是一種貝葉斯方法缩举，通過檢測(cè)等位基因頻率和生態(tài)變量之間的相關(guān)性或地理區(qū)域之間的極端等位基因頻率差異來識(shí)別適應(yīng)當(dāng)?shù)丨h(huán)境的位點(diǎn)。該方法可以從一組基因組變異中估計(jì)種群之間...
案例一 IM20Mb.tpl IM20Mb.est run line .tpl中字母代表的是要估計(jì)的參數(shù)仅孩，有些給定的值如果在.est文件中定義，也會(huì)重新估計(jì)印蓖。.est文件中文...
