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發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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Nature Genetic | 番茄超級(jí)泛基因組的多樣性和結(jié)構(gòu)變異引言 在2023年4月6日，Nature Genetics發(fā)表了一篇題目為“Super-pangenome analyses highlight genomic divers...
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那就把superScaffold當(dāng)作染色體分析殖卑，就是原本第一列是染色體編號(hào)站削，你第一列放superScaffold編號(hào)就行
用TBtools做物種內(nèi)共線性分析（僅步驟）
主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我們拿到的是以下的材料 1. Blast比對(duì) 根據(jù)以下選...
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任何人！十分鐘掌握Circos圖繪制
寫在寫在前面的前面 我不喜歡調(diào)用外部程序孵稽，如果是簡(jiǎn)單的事情许起。我覺得應(yīng)該用最簡(jiǎn)單的方式來實(shí)現(xiàn)。如果你只是想畫一個(gè)簡(jiǎn)單的Circos圖菩鲜，perl园细？不用的。R接校？不用的猛频。網(wǎng)頁(yè)？不用的...
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bowtie2比對(duì)參考基因組（待續(xù)...）
準(zhǔn)備文件 物種A參考基因組，以及測(cè)序文件.fastq 測(cè)序文件質(zhì)控 這里用trim_galore诽凌，為什么用trim_galore毡熏，因?yàn)樗梢宰詣?dòng)檢測(cè)接頭，并且不只是illum...
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遇到command not found: shopt
遇到問題第一時(shí)間百度窝趣，發(fā)現(xiàn)是因?yàn)檠b了conda的原因疯暑，所以修改~/.bashrc中環(huán)境變量會(huì)出問題解決辦法如下： 配置完畢，解決問題
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安裝miniconda
首先去清華鏡像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/找到最新版本然后 然后一直ENTERN哑舒，或者輸入...
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用ClustalW進(jìn)行多序列比對(duì)，IQ-tree構(gòu)建進(jìn)化樹一洗鸵、ClustalW進(jìn)行多序列比對(duì) ClustalW是一種漸進(jìn)的比對(duì)方法越锈，先將多個(gè)序列兩兩比對(duì)構(gòu)建距離矩陣，反映序列之間兩兩關(guān)系膘滨。然后根據(jù)距離矩陣計(jì)算產(chǎn)生的系統(tǒng)進(jìn)化樹甘凭，對(duì)關(guān)系...
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生物信息學(xué)的學(xué)習(xí)筆記
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用TBtools做物種內(nèi)共線性分析（僅步驟）主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我們拿到的是以下的材料 1. Blast比對(duì) 根據(jù)以下選...
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Python3 提取CDS根據(jù)物種基因組和注釋文件蜓洪，可以編寫腳本，提取特殊的序列結(jié)構(gòu)坯苹，完成個(gè)性化的分析隆檀。本文利用Python3提取擬南芥的最長(zhǎng)編碼序列，并轉(zhuǎn)化為氨基酸序列輸出到文件中粹湃。 基因結(jié)構(gòu) 參考...
