《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
發(fā)簡信
IP屬地：四川
-
組會論文 | Nat Genet：大規(guī)模多性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定數(shù)百個(gè)青光眼風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn) -
2024-11-30 | 群體遺傳變異——SNP及INDEL calling進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析的前提是我們得得到變異信息霉翔，之前已經(jīng)介紹了如何進(jìn)行CNV的識別，那么本文來介紹下如何識別基因組中分布更多忆矛、更常見的變異SNP（INDEL順帶） 二代測序 r...
-
@假如我重生了 就是盡可能把每個(gè)snp按照他本來的基因組位置排上去媳维，這樣接近實(shí)際情況
2024-09-05 | ggplot繪制曼哈頓圖----受夠了有些包的自定義限制
整體腳本如下攻晒，需要你的文件包含CHR BP P三列寂嘉，無所謂順序奏瞬，也無所謂有啥其他列，只要有這三列即可 結(jié)果如下
-
2024-11-14 | LDSC——分區(qū)遺傳力及組織細(xì)胞富集LDSC不僅僅可以用于計(jì)算以及檢驗(yàn)GWAS結(jié)果的inflation是否是因?yàn)榛祀s因素（confounding）的影響泉孩，還可以有S-LDSC（partition haritab...
-
2024-11-10 | LDSC (LD score regression)一硼端、什么是LDSC？ image.png LDSC寓搬，LD分?jǐn)?shù)回歸珍昨，2015年由 Brendan K Bulik-Sullivan 提出的方法，旨在從樣本量日益增加的GWAS結(jié)...
-
2024-11-09 | 孟德爾隨機(jī)化分析一、孟德爾隨機(jī)化（Mendelian Randomization镣典， MR）的原理 隨機(jī)對照實(shí)驗(yàn)（RCT）一般被認(rèn)為是明確因果關(guān)系的金標(biāo)準(zhǔn)兔毙。其要求研究對象隨機(jī)分組，為減少偏倚骆撇，...
-
2024-10-16 | GWAS數(shù)據(jù)SNP rsID的注釋
當(dāng)我們拿到某個(gè)研究的GWAS summary data時(shí)瞒御，因?yàn)榇蠖嗍嵌鷾y序的緣故父叙，它的SNP ID可能不是正常的rsid神郊，但是，我們下游有些分析卻要用到rsid趾唱，這時(shí)我們會...
-
2024-09-05 | ggplot繪制曼哈頓圖----受夠了有些包的自定義限制整體腳本如下涌乳，需要你的文件包含CHR BP P三列，無所謂順序甜癞，也無所謂有啥其他列夕晓，只要有這三列即可 結(jié)果如下
-
2024-08-31 | mwget----wget的升級版，超快的下載工具
mwget悠咱，m就是multi多線程的意思蒸辆。mwget是wget的升級版，支持多線程下載析既，且默認(rèn)為短點(diǎn)續(xù)傳躬贡。 1、軟件安裝 當(dāng)然眼坏，我是推薦直接在github下載編譯好的包的拂玻，省...
-
【Python生信編程筆記】一 、介紹最近想學(xué)一下生信編程宰译，但是由于自己是生物專業(yè)檐蚜，對計(jì)算機(jī)編程也不是太了解，所以感覺還是有很大困難沿侈。其實(shí)自己對編程還是有一定興趣闯第，以前也有自學(xué)過JAVA，不過現(xiàn)在大家編程好像都用...
-
2024-04-11 | Jupyter Book & Github Pages--撰寫網(wǎng)頁書
在我們學(xué)習(xí)某些東西的時(shí)候乡括，經(jīng)常會用pdf、markdown文件或者ipynb文件等去記錄一些分析過程智厌，但是如果文件比較多并且比較長的時(shí)候诲泌，后面查閱起來會很麻煩。因此铣鹏，想著用J...
-
2024-04-09 | ggplot各種圖展示最近在學(xué)習(xí)R敷扫，在這里介紹下ggplot繪制的各種圖形及代碼，還是非常好用的 1 數(shù)據(jù) 用的數(shù)據(jù)是R中自帶的mpg數(shù)據(jù)集，長這樣（部分） manufacturermodeldi...
-
scRNA-seq｜Seurat 整合分析簡介 單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)集的整合（例如跨實(shí)驗(yàn)批次葵第、供體或條件）通常是 scRNA-seq 工作流程中的重要步驟绘迁。整合分析可以幫助匹配跨數(shù)據(jù)集的共享細(xì)胞類型和狀態(tài)，這可以提高統(tǒng)計(jì)能...
-
2024-03-27 | 服務(wù)器Python或R等在本地的使用——JupyterPython學(xué)習(xí)的神器 Juyper交互式python神器處理軟件卒密，這樣就可以不用在自己電腦安裝python缀台，想要什么包可以直接在服務(wù)器安裝——小電腦終于不用被摧殘了用途和R...
-
snakemake--我最喜歡的流程管理工具使用Snakemake搭建分析流程 目前已有的框架 A review of bioinformatics pipeline framework 的作者對已有的工具進(jìn)行很好的分...
-
科研繪圖找不到漂亮的顏色？看這里“在科研繪圖過程中哮奇，除了一些科研軟件自帶的顏色外膛腐，相信大家有時(shí)候也想自己為圖片進(jìn)行配色，使圖片更加美觀生動鼎俘，讓人眼前一亮哲身，先上效果圖，順便分享一些配色方案贸伐！” “下面...
-
@麥田里的守望者_(dá)98a5 應(yīng)該是我的賬號的原因勘天，打算過幾天再試試
2024-01-16 | 個(gè)性化的富集分析圖
標(biāo)新立異而已，打破常規(guī)
-
