1轩性、cellphoneBD Rstudio 前期準(zhǔn)備工作 2墙贱、CellPhoneDB python中運行
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@246c59066361 只能用star
teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本
參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學(xué)資源毡庆，其中包含著大量的調(diào)控序列庆械。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件腊瑟，在生理和病理中這些元件可以被表觀遺傳學(xué)機制重新激活跳昼，從而影響疾病的...
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@你聽得到 R語言代碼自己寫的
繪制scenic的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖
其實我想畫這張圖对嚼，是scenic分析后轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控圖。 出自健明大佬分享的教程 我記得小潔老師講過ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)有類似的圖杰标”樱回去找了教程，看到ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和這個圖...
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@你聽得到 單細(xì)胞Seurat分析細(xì)胞間的差異分析
Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖
運行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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LightGBM算法 & XGBoost算法對比分析
官方文檔https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/index.html（微軟開源） 參考文檔：機器學(xué)習(xí)算法之LightGBMhttp...
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單一驗證腔剂、k折交叉驗證（特例：留一法（LOOCV））媒区、交叉驗證確定最優(yōu)超參數(shù)一、單一驗證 1掸犬、單一訓(xùn)練集和測試集 最簡單的樣本集劃分就是只有訓(xùn)練集和測試集袜漩，而沒有驗證集，因此無法利用驗證集反過來對模型參數(shù)進(jìn)行調(diào)整湾碎。只能先給定一組超參數(shù)C宙攻，然后訓(xùn)練得到...
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ggplot2的主題設(shè)置
ggplot2畫圖的時候有幾個默認(rèn)主題，畫圖的時候我們可以自己挑選一個喜歡的內(nèi)置主題介褥，也可以自己設(shè)置座掘。其中內(nèi)置主題有以下幾個递惋，我們用iris數(shù)據(jù)集看一下效果： theme_b...
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細(xì)胞通訊-iTALK使用方法作者：ahworld鏈接：細(xì)胞通訊-iTALK使用方法來源：微信公眾號-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者雹顺。 什么是細(xì)胞通訊丹墨？ 多細(xì)胞生物由不同類型的...
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Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖運行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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單細(xì)胞差異基因EnrichmentMap使用教程參考文獻(xiàn)[https://www.nature.com/articles/s41596-018-0103-9]EnrichmentMap分析有助于研究人員獲得從基因組規(guī)模產(chǎn)生...
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用R畫Circular barplot圖（環(huán)狀柱形圖）參考文章：可視化之circular barplot 之前利用WGCNA分析得到了一組感興趣的基因（WGCNA學(xué)習(xí)筆記）廊遍，然后又用cytoscape軟件得到一個表嬉愧，里面有每一個...
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【Cytoscape網(wǎng)絡(luò)圖繪制】摸索入門篇這個軟件就是為了繪制網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖，圈圖等等酷炫的圖片喉前，例如這樣： Cytoscape官網(wǎng) 一没酣、配置環(huán)境和安裝 安裝Java 11 Java 11下載地址 無腦點擊安裝，我這里手...
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scRNA-Seq | 單細(xì)胞功能注釋和富集分析(GO卵迂、KEGG裕便、GSEA)一、多個亞群各自marker基因聯(lián)合進(jìn)行GO以及KEGG分析 在前面幾節(jié)我們已經(jīng)知道各個細(xì)胞亞群的 marker 基因见咒，接下來我們對這些marker基因進(jìn)行功能注釋和富集分析...
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nature級別圖表：一個注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細(xì)胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫過一個函數(shù)偿衰，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級別圖表：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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teprof2轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)鑒定轉(zhuǎn)座子融合嵌合轉(zhuǎn)錄本參考資料 轉(zhuǎn)座因子（TE）是豐富的遺傳學(xué)資源，其中包含著大量的調(diào)控序列改览。在TE內(nèi)部存在著潛在的隱性調(diào)控元件下翎，在生理和病理中這些元件可以被表觀遺傳學(xué)機制重新激活，從而影響疾病的...
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samtools view 使用小結(jié)整理高通量測序中使用的軟件宝当。 samtools是常用的對sam/bam文件操作的工具视事，其中samtools view命令可以實現(xiàn)查看序列、sam-bam文件轉(zhuǎn)換庆揩、過濾序列等功...
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Chrome瀏覽器插件的寫法
1. 什么是Chrome插件 Chrome插件是一個用Web技術(shù)開發(fā)订晌、用來增強瀏覽器功能的軟件虏辫，它其實就是一個由HTML、CSS锈拨、JS砌庄、圖片等資源組成的一個.crx[http...
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PePr識別組蛋白修飾ChIP-seq差異峰+bed文件注釋
PePr相關(guān)內(nèi)容: 文章連接:NCBI - WWW Error Blocked Diagnostic[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2489...
