IP屬地：陜西
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macbook pro 擴(kuò)容記我的 macbook 是 2015 年款的 13 retina 屏的 macbookpro；當(dāng)時(shí)選的容量是128G愿阐，也就是俗稱的乞丐版；現(xiàn)在那個(gè)后悔啊趾疚，嚴(yán)重不夠用啊缨历。要知道蘋...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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對(duì)群體遺傳學(xué)的基礎(chǔ)概念及相關(guān)分析，如系統(tǒng)發(fā)育研究榜聂，PCA（主成分分析）搞疗、群體結(jié)構(gòu)分析、親緣關(guān)系须肆、基因流等進(jìn)行介紹匿乃，旨在搭建一個(gè)群體遺傳學(xué)研究的學(xué)習(xí)平臺(tái)。
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苦逼的科研狗<br>記性不好所以一些東西就寫下來(lái)加深印象闸天，正好分享給一些需要的朋友
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如何尋找同源基因---OrthoFinder
構(gòu)建物種的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)苞氮，計(jì)算kaks值或者比較基因組學(xué)和進(jìn)化的其他分析都少不了需要尋找同源基因。之前已經(jīng)介紹過(guò)Orthomcl的自動(dòng)化使用瓤逼，Orthomcl也是目前引用最好的尋...
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我很懶艳狐，但是我很可愛(ài)~~
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circos circlize ggbio gviz 等
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歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)诲侮，可以加入微信群镀虐，一起交流溝通
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一些生物信息學(xué)用到的軟件刮便，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades绽慈、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast恨旱、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega坝疼、clustalW搜贤、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS钝凶、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree仪芒、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK耕陷、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o掂名、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO哟沫、QUAST ?? 可視化工具比如IGV饺蔑、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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GO，KEGG裹虫，DO富集分析這是我聽(tīng)B站鯪魚不會(huì)飛視頻（GO肿嘲，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解筑公，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的雳窟，自行忽略.... 市面上公...
