常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的碎连，儲(chǔ)存受體衷咽、配體以及兩種相互作用...
IP屬地：江西
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat -
太優(yōu)秀了！
環(huán)境配置筆記7-解決hdf5r安裝時(shí)遇到的無(wú)數(shù)的坑
安裝hdf5r包時(shí)報(bào)錯(cuò)： checking for h5cc... no checking for h5pcc... no checking for HDF5 librari...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)023--[sc]腫瘤浸潤(rùn)髓系細(xì)胞的pan-cancer單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄圖譜張澤民老師2021年2月份發(fā)表在cell上的文章 Tumor-infiltrating myeloid cells (TIMs) 是腫瘤進(jìn)展的關(guān)鍵調(diào)解者号阿，但是它們?cè)诓煌[瘤間...
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詳細(xì)介紹新版SingleR進(jìn)行單細(xì)胞自動(dòng)化鑒定
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及习蓬，現(xiàn)在的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析越來(lái)越普及绘迁，得到的單細(xì)胞數(shù)據(jù)越來(lái)越多纪岁。然而單細(xì)胞轉(zhuǎn)...
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免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋?zhuān)?免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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基礎(chǔ)知識(shí)--增強(qiáng)子基礎(chǔ)知識(shí)--增強(qiáng)子 一、定義 增強(qiáng)子(Enhancer) 又可譯為強(qiáng)化子昭躺，是DNA上一小段可與蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域忌锯，與蛋白質(zhì)結(jié)合之后，基因的轉(zhuǎn)錄作用將會(huì)加強(qiáng)领炫。增強(qiáng)子可能位于基因上...
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2022-10-18Cancer Cell | AI集成腫瘤多模態(tài)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)融合和關(guān)聯(lián)發(fā)現(xiàn) 原創(chuàng)huacishu圖靈基因2022-10-18 10:11發(fā)表于江蘇 收錄于合集#前沿生物大數(shù)據(jù)分析...
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免疫基因組指標(biāo)的計(jì)算（6個(gè)）1.Mutation load 腫瘤突變負(fù)荷 2.新抗原負(fù)荷（Neoantigen load） 配對(duì)樣本的全外的.bam數(shù)據(jù)偶垮，第一步通過(guò)POLYSOLVER tool工具對(duì)每...
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【陪你學(xué)·生信】六、當(dāng)你有一段待分析的氨基酸序列
這一推送將簡(jiǎn)單介紹： 1.尋找蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域 2.簡(jiǎn)單預(yù)測(cè)序列的理化性質(zhì) 4. 預(yù)測(cè)蛋白酶降解位點(diǎn) 5.預(yù)測(cè)卷曲螺旋區(qū)域（coiled-coil domains） 6. 預(yù)測(cè)翻...
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免疫組庫(kù)分析軟件MiXCR的安裝和使用安裝 conda安裝 普通安裝 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系統(tǒng)上使用linuxbrew安裝 將已經(jīng)安裝的MiXCR更新到最新版本 手動(dòng)安裝 在r...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線(xiàn)下面積來(lái)計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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NGS二代測(cè)序技術(shù)與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究--1.腫瘤體細(xì)胞突變部分NGS腫瘤體細(xì)胞突變檢測(cè) 樣本類(lèi)型：組織樣本（新鮮組織+石蠟切片）以及cfDNA樣本 可查閱2017年 FDA批準(zhǔn)的FoundationOne CDx?和MSK-IMPAC...
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TRIPOD聲明-臨床預(yù)測(cè)模型報(bào)告規(guī)范預(yù)測(cè)模型的研究報(bào)告規(guī)范我們清楚了嗎似舵？本文是筆者本人學(xué)習(xí)筆記,做一小結(jié)脚猾，主要內(nèi)容是來(lái)自 Tripod 2015 statement，筆者做了部分解讀砚哗。僅供大家參考學(xué)習(xí)龙助，原文版權(quán)...
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scanpy官方教程2022||02-細(xì)胞發(fā)育/分化軌跡推斷學(xué)習(xí)資料來(lái)源：scanpy主頁(yè)：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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Week30 — 常染色體單等位基因的隨機(jī)表達(dá)Week 30: 2018— 12.3-12.8Title: Random monoallelic expression of autosomal genes: stocha...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）RNA速率分析之scVelo今天我們測(cè)試一下軟件scVelo，這個(gè)軟件應(yīng)該很多人都用過(guò)了蛛芥，但是玩的好的人泌参，應(yīng)該沒(méi)幾個(gè)。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
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loomR介紹及使用指南隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展常空，數(shù)據(jù)量增加使得計(jì)算需求呈指數(shù)增長(zhǎng)。分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)時(shí)盖溺，使用稀100000個(gè)細(xì)胞的系數(shù)矩陣處理對(duì)于Seurat 來(lái)說(shuō)就很有挑戰(zhàn)性漓糙。HDF5 格式現(xiàn)在被用于儲(chǔ)...
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Diffusion Map在單細(xì)胞中的應(yīng)用單細(xì)胞降維 基于單細(xì)胞表達(dá)矩陣的降維方式有很多，例如UMAP烘嘱，t-SNE昆禽，PCA等，而Diffusion Map是基于非線(xiàn)性的降維模式蝇庭。對(duì)于單細(xì)胞表達(dá)譜而言醉鳖，該降維方法有利于...