今天有一個(gè)需求，就是要將gtf中的轉(zhuǎn)錄本轉(zhuǎn)成fasta序列，一開(kāi)始是想著用bedtools getfasta實(shí)現(xiàn)鸳谜，awk取出來(lái)坐標(biāo)做成bed文件輸入bedtools，但是結(jié)果...
IP屬地：重慶
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gffread - gtf/gff文件轉(zhuǎn)fasta序列 -
4?? 核酸序列特征分析(3):啟動(dòng)子及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)和轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)預(yù)測(cè)序列比對(duì)和序列特征分析總目錄 啟動(dòng)子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列聘萨，調(diào)控基因表達(dá)彬坏。作用方式是通過(guò)與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合朦促。關(guān)于啟動(dòng)子更詳細(xì)的簡(jiǎn)文請(qǐng)看查找一個(gè)基因的啟動(dòng)...
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在shell or R 中判斷一個(gè)文件是否為空栓始。
1. shell 中判斷文件是否存在或者是否為空文本 在lunix中寫(xiě)腳本時(shí)务冕，總免不了判斷文件是否存在，文件內(nèi)容是否為空的等操作混滔。而這些操作都可以用test指令來(lái)實(shí)現(xiàn)洒疚，可通過(guò)...
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公號(hào)：Python大數(shù)據(jù)分析领跛，關(guān)注送10G資料
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主要關(guān)注于脊椎動(dòng)物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡(jiǎn)書(shū)原賬號(hào)：WhyDoWeAge
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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conda 鏡像報(bào)錯(cuò)
近使用conda安裝包錯(cuò)誤孔轴，一直報(bào)連不上網(wǎng)剃法，后來(lái)查看一下原因。是因?yàn)榍迦A鏡像改了路鹰，塞了個(gè)文件夾（修改.condarc文件贷洲，在后面加上平臺(tái)名如lunix-64/，win-64/...
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最佳BT種子下載網(wǎng)站（2018年）海盜灣（The Pirate Bay俩块，縮寫(xiě)：TPB）是由瑞典的一個(gè)民間反版權(quán)組織海盜署（Piratbyr?n）成立于2003年，最初僅為瑞典語(yǔ)站點(diǎn)浓领。后來(lái)發(fā)展成為獨(dú)立的組織玉凯，2...
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大數(shù)據(jù)系統(tǒng)發(fā)育學(xué)的原理漫仆、機(jī)遇和陷阱（一）最近幾天讀文獻(xiàn)，讀到了一篇2019年Andrew D. Young 和Jessica P. Gillung發(fā)表在Phylogenomics關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育學(xué)的綜述Phylogen...
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paml計(jì)算dn/ds的小實(shí)例更新：20190319 使用EasyCodeML完成dnds的計(jì)算泪幌，自己嘗試了分支模型和位點(diǎn)模型的計(jì)算盲厌，簡(jiǎn)直不要太容易署照！ 更新：20190314 教程 http://wiki...
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用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)、遺傳吗浩、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)建芙，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）懂扼。發(fā)現(xiàn)在國(guó)內(nèi)的資料中比較少禁荸，即使有，也只是教大家...
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mpileup命令參數(shù)和結(jié)果詳解
mpileup是samtools的一個(gè)命令阀湿，用來(lái)生存bcf文件赶熟，然后再用bcftools進(jìn)行SNP和Indel的分析。另外陷嘴，bcftools是samtools的附帶軟件映砖。 1...
