寫在前面：新手老菜鳥穆律，個人心得政勃，不足之處歡迎交流指正衙传；寫作不易型檀，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意渠牲，謝謝乳丰。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記 -
RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（四）：差異分析前的準(zhǔn)備——數(shù)據(jù)檢查本節(jié)概覽：數(shù)據(jù)預(yù)處理, 進(jìn)行樣本間具有可比性boxplot查看樣本的基因整體表達(dá)情況查看不同分組的聚類情況：樣本hclust 圖散址、距離熱圖喉镰、PCA圖旅择、差異基因熱圖、相關(guān)性熱圖...
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R可視化之ComplexHeatmap【二】：行（列）順序侣姆、行（列）名特別聲明：本部分（系列）內(nèi)容均來自顧祖光博士對ComplexHeatmap的介紹生真，僅為學(xué)習(xí)交流，尊重原創(chuàng)捺宗。 熱圖系列我們已經(jīng)有： R可視化之ComplexHeatmap【一】...
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富集分析GO柱蟀，KEGG，DO等市面上公司做RNA-Seq的一般流程是： tophat2 ---> Cufflinks ---> Cuffdiff ---> R tophat2是把reads回帖到基因組上蚜厉；...
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Transcript ID（ENST/ENSMUST/NM_123456）轉(zhuǎn)換為gene ID（ENSG/ENSMUSG/Gene ID）和Gene name/Symbol----前不久拿到公司給的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果长已，Gene ID是以ENMUST開頭，查了一下，ENST為EMBL 核酸數(shù)據(jù)庫中人類的轉(zhuǎn)錄本ID术瓮，ENMUST為鼠的轉(zhuǎn)錄本ID康聂。一般我...
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學(xué)生信的那些事兒之二 - （小白）怎么學(xué)生信
只有當(dāng)一個人對自己失去信心的那一刻，他才是真的過時了胞四√裰——《飛馳人生》 什么是生物信息學(xué) 生物信息學(xué)(Bioinformatics)是研究生物信息的采集、處理辜伟、存儲氓侧、傳播，分...
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PCR导狡、RT-PCR约巷、qRT-PCR實(shí)驗(yàn)精髓
PCR PCR是很多科研者進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室做的第一個分子實(shí)驗(yàn)，名字聽起來很高級烘豌，其實(shí)操作起來流程還是比較清晰明了载庭，容易上手。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Rea...
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最近整理了幾類常用的繪圖代碼最近比較忙廊佩，所以有段時間沒有更新了囚聚，后面多多更新，再補(bǔ)過來! 之前整理了關(guān)于熱圖的繪圖代碼标锄，包括常規(guī)熱圖顽铸，和個性化加標(biāo)簽的熱圖，剛好最近有小伙伴說能不能整理幾個常用的繪圖代碼...
