鏈接記錄： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7961889/ https://hifiasm.readthedocs...
IP屬地：新疆
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hifiasm組裝中contig和unitig的區(qū)別
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一條小咸魚
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@自己畫餅的小Y 目前的用法是python *.py $infile, 如果你想自定義輸出裤翩，改一下infile = sys.argv[1]這行以及代碼中的輸出文件
使用DSS做差異甲基化區(qū)域（DMR分析）
DSS是一個可用于做RNA-seq差異表達(dá)分析或甲基化差異分析的R包犯助，在做差異甲基化分析時乌昔，DSS對每個CpG進(jìn)行統(tǒng)計檢驗倘感，然后根據(jù)我們指定的閾值可以篩選出差異甲基化位點（d...
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MSCquartets使用MSCquartets是一個R包留特，可以對物種樹進(jìn)行假設(shè)檢驗伏恐，基于多物種溯祖模型（Multispecies Coalescent model）推斷物種樹和物種網(wǎng)絡(luò)孩哑。quarte...
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merqury組裝基因組評估：未完成
1.Busco完整度評估； 2.測序深度翠桦、覆蓋度評估横蜒； 2.1使用samtools計算每個位點的測序深度 a) bwa比對b) samtools depth -a *.bam...
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blat比對，pandas包提取最佳比對結(jié)果（blat/blast/minimap2等均適用）BLAT（BLAST-Like Alignment Tool）是Jim Kent開發(fā)的一個類Blast的比對工具销凑，有以下幾個優(yōu)點：1.比對速度快丛晌；2.可以把小的比對區(qū)域（例如...
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你好，請問解決了嗎斗幼，我的理解是后面一步的deduplicate_bismark會去除重復(fù)比對
使用bismark進(jìn)行甲基化分析并使用IGV對結(jié)果進(jìn)行可視化
Bismark是進(jìn)行甲基化分析過程中常用到的軟件澎蛛，可以將bisulfite處理后的測序reads比對到參考基因組上，得到參考基因組相應(yīng)位置的甲基化水平蜕窿。 我的甲基化數(shù)據(jù)為WG...
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python將fasta文件均分
step1：將fasta均分為N個文件谋逻，每個文件序列數(shù)目相等 參考這篇文章：https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123...
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linux通過conda安裝python包
step1.選擇python版本創(chuàng)建小環(huán)境 export PATH=/home/appl/anaconda3/bin:$PATHconda create -n python2...
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您好呆馁，請問可以分享一下擬南芥那篇文章嗎？謝謝毁兆！
植物甲基化位點狀態(tài)的判定（bismark之后浙滤，call DMR之前，二項分布與FDR校正）
狂躁的兩天气堕，什么都不想干纺腊。寫點東西吧。 甲基化原始數(shù)據(jù)在質(zhì)控和mapping之后茎芭，需要進(jìn)行狀態(tài)的判定揖膜，也就是說extract出的這些位點發(fā)生甲基化可信度有多高，有沒有需要過濾...
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@寒山夢綺 客氣
使用DSS做差異甲基化區(qū)域（DMR分析）
DSS是一個可用于做RNA-seq差異表達(dá)分析或甲基化差異分析的R包，在做差異甲基化分析時摘投，DSS對每個CpG進(jìn)行統(tǒng)計檢驗煮寡，然后根據(jù)我們指定的閾值可以篩選出差異甲基化位點（d...
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@寒山夢綺 您好，--cytosine_report默認(rèn)輸出CpG的內(nèi)容犀呼，我想應(yīng)該是加一個--CX/--CX_context參數(shù)幸撕？
使用DSS做差異甲基化區(qū)域（DMR分析）
DSS是一個可用于做RNA-seq差異表達(dá)分析或甲基化差異分析的R包，在做差異甲基化分析時外臂，DSS對每個CpG進(jìn)行統(tǒng)計檢驗坐儿，然后根據(jù)我們指定的閾值可以篩選出差異甲基化位點（d...
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