博文名稱：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
IP屬地：內(nèi)蒙古
-
RNA速率：細(xì)胞內(nèi)部的指南針 -
sctransform預(yù)處理后须揣，如何進(jìn)行差異表達(dá)分析一蹋艺、seurat執(zhí)行差異表達(dá)分析 根據(jù)單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)處理的方式不同（lognormalize和sctransform）播聪，執(zhí)行差異表達(dá)分析代碼有所不同，這個(gè)需要注意肢藐。我當(dāng)時(shí)請(qǐng)教過...
-
-
-
10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻(xiàn)思路簡(jiǎn)單分析作者卖鲤，追風(fēng)少年i 七夕馬上就要到了，古人描寫七夕的詩句很多畴嘶，不過小時(shí)候背的就記得一首 迢迢牽牛星蛋逾，皎皎河漢女。纖纖擢素手窗悯，札札弄機(jī)杼区匣。終日不成章，泣涕零如雨蒋院。河漢清且淺亏钩，相去...
-
@八重_967e 配置好環(huán)境姑丑，應(yīng)該是可以的吧，我只是剛好服務(wù)器是linux系統(tǒng)的
SCENIC安裝踩坑教程
一辞友、官方提供的安裝方法 #詳細(xì)的安裝教程參考官網(wǎng) https://github.com/aertslab/SCENIC 安裝代碼如下 在安裝SCENIC之前栅哀，請(qǐng)按照以下代碼安...
-
【空間轉(zhuǎn)錄組】MIA分析之前講過一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻(xiàn)，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路称龙。 MIA分析可以用來評(píng)估空間上某個(gè)...
-
富集分析的原理與實(shí)現(xiàn)
一般做完差異分析都會(huì)做這一步留拾，目的是找到差異基因富集到的通路，進(jìn)而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來鲫尊。具體的統(tǒng)計(jì)方法很簡(jiǎn)單痴柔，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個(gè)富集分析工具。 后臺(tái)回復(fù)202...
-
單細(xì)胞分析實(shí)錄(18): 基于CellPhoneDB的細(xì)胞通訊分析及可視化 (上篇)
細(xì)胞通訊分析可以給我們一些細(xì)胞類群之間相互調(diào)控/交流的信息疫向，這種細(xì)胞之間的調(diào)控主要是通過受配體結(jié)合咳蔚，傳遞信號(hào)來實(shí)現(xiàn)的。不同的分化搔驼、疾病過程谈火，可能存在特異的細(xì)胞通訊關(guān)系，因此闡...
-
R 創(chuàng)建循壞變量名
目的：創(chuàng)建循環(huán)變量名"xxx.pdf" 匙奴，其中xxx是基因名 eg:gene=c("gene1","gene2",......) class(gene) --->chara...
-
R包絞盡腦汁安裝失敗解決新方案
該R包在cran中并未上傳堆巧，而是選擇托管在了github中 if 你擁有多臺(tái)服務(wù)器 那么可通過以下方案解決R包安裝失敗的問題 在我租用服務(wù)器1中安裝 安裝成功后，將安裝包下載...
-
如何研究目標(biāo)基因的上下游
這里就是為了記錄一下實(shí)驗(yàn)涉及的思路 eg：我之前的研究中發(fā)現(xiàn)某基因的過表達(dá)可以促進(jìn)腫瘤凋亡，如果我想研究它受到上游哪些基因的調(diào)控或者調(diào)控哪些下游基因谍肤，應(yīng)該怎么做呢? 如果研究...
-
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)大亂燉一啦租、檢索已驗(yàn)證的調(diào)控單基因的轉(zhuǎn)錄因子 1、在線查詢數(shù)據(jù)庫 (http://evexdb.org/)荒揣，是以PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)...
-
SCENIC安裝踩坑教程一篷角、官方提供的安裝方法 #詳細(xì)的安裝教程參考官網(wǎng) https://github.com/aertslab/SCENIC 安裝代碼如下 在安裝SCENIC之前，請(qǐng)按照以下代碼安...
-
inferCNV判斷惡性上皮細(xì)胞
一系任、輸入文件要求 運(yùn)行infercnv之前恳蹲，需要準(zhǔn)備三個(gè)文件：1、單細(xì)胞表達(dá)矩陣文件俩滥；2嘉蕾、細(xì)胞類型注釋文件；3霜旧、基因坐標(biāo)文件错忱。 inferCNV示例數(shù)據(jù) oligodendr...
-
R包inferCNV rjags安裝
install.packages("rjags")Installing package into ‘/home/lfr/R/x86_64-pc-linux-gnu-libra...
