WGCNA原理及應(yīng)用 WGCNA介紹： WGCNA（weighted gene co-expression network analysis吗冤，權(quán)重基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析）是一種分...
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WGCNA（轉(zhuǎn)載）
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Seurat計算topN PC維度的貢獻率
?最近項目需要計算Seurat[1] (v3.1.2)進行PCA降維后選取的top20 PC對數(shù)據(jù)的解釋度腌且，但是發(fā)現(xiàn)Seurat自帶函數(shù)計算的結(jié)果并不能直接用來計算廉赔。 Run...
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作業(yè)管理系統(tǒng)
簡介 在超算和集群中通常要使用作業(yè)管理系統(tǒng)品追，關(guān)于其介紹見維基百科[https://en.wikipedia.org/wiki/Job_scheduler#Batch_queu...
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在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件新娜，用...
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bedtools shuffle -incl 參數(shù)
bedtools shuffle 參數(shù)中 -excl 和-incl參數(shù) bedtools的具體使用可以在官網(wǎng)查詢衅斩。但-excl和-incl參數(shù)可能沒有講明白 -incl參數(shù)的...
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轉(zhuǎn)錄組分析-上下調(diào)基因條形圖
setwd("Desktop/transcriptom") library(ggplot2)kob <- read.csv("count - up and down regu...
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【小工具】智能合并測序數(shù)據(jù)fastq的腳本
介紹： 這是一個可以自動合并數(shù)據(jù)的簡易腳本 應(yīng)用場景： 有一批數(shù)據(jù)有三十幾個樣本,測序公司返回數(shù)據(jù)時由于數(shù)據(jù)量不達標(biāo)襟沮，需要加測一次，部分樣本數(shù)據(jù)量還是不夠, 又加測一次才夠跪腹，...
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Fit-hic 2 通過hic數(shù)據(jù)檢測顯著性互作安裝官網(wǎng)中提到三種安裝方法褂删，可通過conda, pip，git clone 安裝該軟件.我們這里利用conda,非常簡單快速.1.1 conda創(chuàng)建環(huán)境 1.2 conda ...
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Hi-C數(shù)據(jù)分辨率的計算
我們經(jīng)常困惑于多少的Hi-C數(shù)據(jù)才可以滿足分析的要求冲茸，一般認為分析A/B compartment 至少需要達到100kb的分辨率笤妙，TADs至少需要達到40kb分辨率，loo...
