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@嚴(yán)思遠(yuǎn) 非常感謝你的支持拷呆，那篇文章沒刪，只是被簡書鎖定了杆怕，說我文章里包含鏈接捷绑。我已經(jīng)把鏈接刪除了躬贡，希望文章可以早日解封蓬豁。很高興能幫助到你绰咽，一起加油！

暫別簡書地粪，后會有期

我不是老師取募，也不是大神，更不是前輩蟆技。我只是個普通的科研工作者玩敏，一個只想努力變得更好的人。 來到簡書快3年了付魔，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時wfh的時候?qū)懙姆甚濉Ｖ两?..

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我不是老師，也不是大神陈哑，更不是前輩妻坝。我只是個普通的科研工作者，一個只想努力變得更好的人惊窖。 來到簡書快3年了刽宪，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時wfh的時候?qū)懙慕缇啤Ｖ两?..

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@MonicaYang 在我文章開頭：本篇代碼參考出處里圣拄，具體哪篇文章記不住了

WGCNA學(xué)習(xí)筆記

本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥團(tuán)：一文學(xué)會WGCNA分析2.WGCNA（加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）3.WGCNA分析，簡單全面的最新教程4.WGCNA實戰(zhàn)練習(xí)5.STEP6:W...

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你可以不加這個篩選標(biāo)準(zhǔn)毁欣，根據(jù)你的數(shù)據(jù)庇谆。我也只是按照其他教程加的篩選標(biāo)準(zhǔn)

WGCNA學(xué)習(xí)筆記

本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥團(tuán)：一文學(xué)會WGCNA分析2.WGCNA（加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）3.WGCNA分析岳掐，簡單全面的最新教程4.WGCNA實戰(zhàn)練習(xí)5.STEP6:W...

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https://github.com/alexdobin/STAR/issues/164

比對軟件STAR的使用

在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對這一步我使用過bowtie2（DNA比對）和hisat2（RNA-seq比對）饭耳，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個很火的軟件：STAR串述。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...

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@牽著一只羊Amy 感謝指出錯誤横殴，已經(jīng)更正

增強(qiáng)子(enhancer)靶向表觀基因組編輯技術(shù)enCRISPRa和enCRISPRi文獻(xiàn)學(xué)習(xí)

文獻(xiàn)題目：Interrogation of Enhancer Function by Enhancer-Targeting CRISPR Epigenetic Editing...

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需要CUT&RUN實驗的同學(xué)請注意：我的這篇筆記里提到的protocol在上周五更新了（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-cut-and-run-protocol/）被因。最新版的protocol里提到對于貼壁細(xì)胞，可以用低濃度胰酶進(jìn)行最短時間消化衫仑。原文如下：
EpiCypher has compared different methods of collecting adherent cells for CUT&RUN, including cell scraping, trypsin, and accutase. We analyzed the impact of each method on the cell adsorption rate onto ConA beads, using MCF-7 cells. Based on these optimization experiments, we recommend a very mild trypsin treatment (0.05% trypsin at 37°C, minimal incubation time as optimized for cell type). This method detaches and monodisperses cells, resulting in >95% adsorption onto beads. The cells are collected and pelleted by centrifugation for ~3 min at 600 x g, RT. Proceed directly to the CUT&RUN wash steps. Trypsin is then washed away by subsequent washes that are a standard part of the CUT&RUN protocol.

CUT&RUN實驗原理和步驟

這篇筆記是記錄CUT&RUN實驗的具體步驟梨与。因為下周就要做CUT&RUN了，首先就要先熟悉一下實驗步驟文狱。雖然有紙質(zhì)版的protocol粥鞋，但是老板推薦我去試劑盒官網(wǎng)看一下視頻，...

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@Bioinfo魚 官網(wǎng)上有寫支持的物種有哪些

使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析

關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯摹蘑，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...

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@Norman_f578 取交集

如何把從TCGA下載的HTseq count轉(zhuǎn)換成FPKM

如果你下載了TCGA數(shù)據(jù)庫里的count數(shù)據(jù)筹燕，想把它轉(zhuǎn)換成FPKM應(yīng)該怎么做呢？參考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原創(chuàng)】R語言實戰(zhàn)：read cou...

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@Cooperstation 組蛋白修飾在不同類型細(xì)胞里的基因組分布是不同的。你需要自己做ChIP-seq或者CUT&RUN來鑒定

ChIP-seq實踐(H3K27Ac,enhancer的篩選和enhancer相關(guān)基因的GO分析)

在實踐之前庄萎，我先查找了一下有關(guān)組蛋白修飾的知識點：（參考文章：http://www.reibang.com/p/8aca72809c5c） 組蛋白修飾能預(yù)測染色質(zhì)的類型（異...

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自己用就行踪少，如果要轉(zhuǎn)載是必須說明一下的

關(guān)于簡書筆記的一些想法

在簡書上做筆記已經(jīng)快兩年了，在記錄筆記的過程中自己學(xué)到了很多糠涛，同時也想把自己看到的知識分享給有同樣需要的人援奢。然而在這個過程中，也讓我見識到了各式各樣的人忍捡。有很多同學(xué)發(fā)簡信和我...

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