生信技能樹挂捻，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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持續(xù)分享生物信息相關(guān)的學(xué)習(xí)筆記，個人博客：Bioinfocat.cn
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農(nóng)學(xué)跨生信，之前總覺得冈绊，沒人教侠鳄，怕走彎路，遲遲不肯踏踏實(shí)實(shí)從基礎(chǔ)一點(diǎn)一點(diǎn)積累慢慢學(xué)起死宣。一會看看生物伟恶，一會寫寫代碼，抓不住重點(diǎn)也沒有提高毅该。 后來關(guān)注了生信技能樹博秫，還蹭了建設(shè)人Jimmy大佬組織的線下聚會，聽到幾位大佬介紹后眶掌，發(fā)現(xiàn)他們都是自學(xué)挡育，自己摸索的，并且給我強(qiáng)調(diào)了記筆記的重要性朴爬。 這是一個對知識管理的過程即寒，記錄下學(xué)習(xí)的一點(diǎn)一滴，寫下來的筆記是給自己的（有時候會覺得寫的不好，也不敢分享出來母赵，沒有正向激勵逸爵，漸漸就不寫了），當(dāng)然如果也可以像大佬們那樣對他人的學(xué)習(xí)起到幫助凹嘲，我也會覺得非常榮幸和開心吶痊银。 加油啦～～
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
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生信學(xué)習(xí)筆記遇八、腳本編程矛绘、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉刃永，快到我的額碗里來～ 好好學(xué)習(xí)货矮，天天學(xué)生信～
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA囚玫，技術(shù)文檔與博客，需要你的參與读规。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者抓督、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字束亏，無論是原創(chuàng)還是筆記铃在，我們需要你，將本專題打造為生信知識寶庫碍遍、交流平臺定铜。 內(nèi)容可以是對生物信息學(xué)與算法知識相關(guān)資源的收集、整理雀久，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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各種繪圖工具
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生涩惑。
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具橡伞，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades盒揉、canu等等 ?? 序列比對比如blast、bowtie兑徘、diamond等 ?? 多序列比對比如mega刚盈、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools挂脑、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS扁掸、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL最域、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK谴分、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC镀脂、BUSCO牺蹄、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit薄翅、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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多種組學(xué)
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程暑竟！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題斋射，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強(qiáng)的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的罗岖，查看的時候請點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看涧至。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖桑包、曼哈頓圖的繪制等 ?? python南蓬、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用哑了，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法赘方，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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平常做點(diǎn) ?珍珠翡翠白玉湯? 你要是不介意的話也來一碗嘗嘗~<br><br>裝逼的戴著R形狀的戒指??<br>牽著??/?? 駱駝慢悠悠的逛街<br>后來碰到了一條蛇??纏著我不放<br><br>??____???3??_???3???3______?? ??____<br><br>那好吧蒜焊，都一起來，跟著我種白菜吧科贬！<br>╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪<br>╪ ?? ???? ?? ?? ?? ?? ?? |<br>╪ ?? ?? ?? ???? ?? ?? ?? |<br>╪ ?? ?? ?? ???? ?? ?? ?? |<br>╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪<br><br>
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搬磚的工人<br>
