發(fā)簡信
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學(xué)習(xí)IGV的時候?qū)戇^兩篇推文面哥，當(dāng)時簡單做了了解分唾，但有朋友說意猶未盡校套，嗯我也這么覺得纯续，總覺得還是學(xué)的不夠仁讨。推薦閱讀：https://github...
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基因組的那些事兒--基礎(chǔ)偶然間翻出來了18年學(xué)習(xí)jimmy的”直播我的基因組系列“所做的一些理解羽莺，文章寫于18.7.30，因為當(dāng)時感覺工程浩大洞豁，所以遲遲沒有發(fā)出來盐固，但現(xiàn)在我想，“攢著攢著就爛了”丈挟，好...
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TCGA和GEO套路文章解說文章刁卜，重在研究思路。有好的思路曙咽，才能有精彩的故事蛔趴。很多時候，我們想找一個好點子例朱，比如性狀孝情，疾病相關(guān)的關(guān)鍵分子，需要設(shè)計實驗洒嗤，做大量的分子篩選的工作箫荡，對于土豪實驗室可以可以大把...
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mRNA-seq學(xué)習(xí)（四）：使用RSEM進行差異表達分析
1. prepare-reference 如果用RSEM對比對后的bam進行轉(zhuǎn)錄本定量，則在比對過程中要確保比對用到的索引是由rsem-prepare-reference產(chǎn)生...
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吳恩達深度學(xué)習(xí)筆記(96)-目標(biāo)檢測之Bounding Box預(yù)測
Bounding Box預(yù)測（Bounding box predictions） 在上一篇筆記中渔隶，你們學(xué)到了滑動窗口法的卷積實現(xiàn)羔挡，這個算法效率更高，但仍然存在問題，不能輸出最...
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同學(xué)你好婉弹，你有一艘生信航母待查收作者：白介素2某同學(xué)：小張小張睬魂，我想查一下某某某终吼，你有沒有數(shù)據(jù)庫給我用下呀镀赌？我: 我沒有關(guān)注你這個領(lǐng)域哎，你要不要际跪。商佛。。 同學(xué)：^^^^^^（看來你生信學(xué)的也不怎么樣嘛姆打，連個...
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機器學(xué)習(xí)A-Z～分類模型性能評價及選擇
本篇文章將給大家介紹一些宏觀的核心概念和測度來評價分類算法和分類器的表現(xiàn)良姆，尤其是如何評價分類器預(yù)測中會產(chǎn)生的一些錯誤。 偽陽性(False Positives)和偽陰性(Fa...
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GO和Pathway富集分析的背景基因集
功能(GO)或者通路(Pathway)富集分析時幔戏，都會涉及到 Background; 做分析時玛追，分析工具會提供一些數(shù)據(jù)供使用者選擇或者使用自定義的gene list。 例如闲延，...
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機器學(xué)習(xí)A-Z～決策樹與隨機森林
決策樹 有的人可能聽過一個詞：CART痊剖，這個代表的意思是Classification And Regression Tree。它是一個分類和回歸的決策樹垒玲。它被分為兩類陆馁，一類是...
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吳恩達深度學(xué)習(xí)筆記(72)-卷積網(wǎng)絡(luò)的邊緣檢測
邊緣檢測 卷積運算是卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)最基本的組成部分，使用邊緣檢測作為入門樣例合愈。在這個筆記中叮贩，你會看到卷積是如何進行運算的。 在之前的筆記中佛析，我說過神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的前幾層是如何檢測邊緣...
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CNN感受野（VGG）
從圖像中提取CNN特征益老，VGG模型是首選算法 。VGG是牛津大學(xué)Visual Geometry Group（視覺幾何組）的縮寫寸莫，以研究機構(gòu)命名捺萌。VGG論文給出了一個非常振奮人...
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用SVM對手寫字母進行分類
SVM 可用于離散因變量的分類和連續(xù)因變量的預(yù)測，相對于單一的分類算法（Logistic储狭、決策樹互婿、KNN。樸素貝葉斯等）有更好的預(yù)測準(zhǔn)確率辽狈，因為它可以將低維線性不可分的空間轉(zhuǎn)...
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ggplot2畫餅圖慈参、柱狀圖和折線圖第一部分 葉綠體基因組類的文章通常會做重復(fù)序列分析，然后通過柱形圖來展示不同長度重復(fù)序列的數(shù)量刮萌，通過餅圖來展示重復(fù)序列位于內(nèi)含子驮配、外顯子和基因間隔區(qū)的比例，以下簡單記錄自己利...
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74971論文氣候變化指數(shù)CCI通過對氣象要素異常和極端天氣的概率進行分析。在此基礎(chǔ)上壮锻，從三個方面初步的選取了與氣候變化密切相關(guān)的12個指標(biāo)琐旁。 運用熵權(quán)法和變異系數(shù)法將指標(biāo)綜合到基于氣候變...
