基因功能注釋辖源，簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)缀皱，即是根據(jù)已有的蛋白庫(kù)棺亭，對(duì)從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對(duì)，從而獲得相應(yīng)的信息奸腺。 這里整理了擬南芥挠轴、Uniprot涮拗、Swissprot和Interpr...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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軟件8 —— salmon一饶辙、 基本介紹 Salmon是一款新的蹲诀、極快的轉(zhuǎn)錄組計(jì)數(shù)軟件。它與Kallisto和Sailfish類似弃揽，可以不通過mapping而獲得基因的counts值脯爪。Salmon的...
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Salmon 進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量Salmon 是轉(zhuǎn)錄本定量軟件，使用轉(zhuǎn)錄本定量主要優(yōu)點(diǎn)一是更準(zhǔn)確冷冗，比如不同樣本同一基因使用不同 isoform 此時(shí)基因長(zhǎng)度并不相等守屉，直接基因定量無(wú)法顧及；二是方便進(jìn)行可變剪...
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高級(jí)heatmap繪制ComplexHeatmappheatmap[http://www.reibang.com/p/b0b28ee8993d]ComplexHeatmap handbook[https://jokergo...
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過去說(shuō)complexheatmap太復(fù)雜俺叭，是我太菜了寫在前面 之前曾抱怨過complexheatmap太復(fù)雜了，現(xiàn)在我想說(shuō)是我太菜了泰偿。折騰了一圈complexheatmap后熄守，發(fā)現(xiàn)complexheatmap真的是極致全面的一...
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2021-09-16
ParaAT2.0 下載和安裝 接觸Linux第一天裕照，短期目標(biāo)是Ka/Ks計(jì)算 參考好幾位網(wǎng)友大神的帖子開始linux系統(tǒng)中Ka/Ks的計(jì)算 首先用wget 下載 Para2...
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R語(yǔ)言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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關(guān)于 dplyr 1.0.0 出來(lái)后我想分享的一些東西于 2020-05-29 那天晋南，期盼已久的 dplyr 1.0.0 終于出來(lái)了（emm，鴿了半個(gè)月）羔砾。 dplyr 在出 1.0.0 版本之前不久负间，于 hadely 在 tw...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請(qǐng)一定看這里：寫下來(lái)只是為了記錄一些自己的實(shí)踐政溃，當(dāng)然如果能對(duì)你有所幫助那就更好了，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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北京基因組所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最優(yōu)，搜索全局最優(yōu)
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章藏鹊。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒有被我收入專題转锈，可能是我沒看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了盘寡。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的撮慨，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看竿痰。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖砌溺、曼哈頓圖的繪制等 ?? python影涉、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用规伐，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法蟹倾，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
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「r<-統(tǒng)計(jì)」管道統(tǒng)計(jì)分析——rstatix使用指南原英文文檔地址：https://raw.githubusercontent.com/kassambara/rstatix/master/README.Rmd rstatix ...
