你這個序列長度都是大于500嗎玄柏？
基因家族分析（4）：基因家族蛋白質(zhì)模體鑒定與可視化本文主要工作使用meme鑒定了SBT家族的蛋白質(zhì)模體組成對meme鑒定結(jié)果進(jìn)行處理并用ggplot2進(jìn)行可視化 4.蛋白質(zhì)與基因結(jié)構(gòu)可視化分析 4.1 蛋白質(zhì)模體預(yù)測 Pro...
IP屬地：廣東
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@逐鴻 如果是你的目標(biāo)基因就保留提取相應(yīng)的序列 是吧
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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用Python提取FASTA中最長轉(zhuǎn)錄本在對拼裝或者數(shù)據(jù)庫下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時旋廷，我們通常會對序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個‘gene’的最長轉(zhuǎn)錄本，所以動手用python寫一個腳本待锈。 一宅荤、基本...
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請問這個原始數(shù)據(jù)是基因組還是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)呢
用Python提取FASTA中最長轉(zhuǎn)錄本
在對拼裝或者數(shù)據(jù)庫下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時，我們通常會對序列進(jìn)行去冗余操作诡渴，其中經(jīng)常需要提取同一個‘gene’的最長轉(zhuǎn)錄本捐晶，所以動手用python寫一個腳本。 一妄辩、基本...
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基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@逐鴻 cdd的結(jié)果有一個short_name 是你說的這個說明吧眼耀？
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@學(xué)術(shù)程稻屬 好呢 謝謝
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候英支，我們經(jīng)常需要對所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組，逐個類群探究蛋白功能哮伟。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件潭辈，該軟件安裝方便，運(yùn)行快速澈吨，調(diào)用簡單把敢，...
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請問篩選到的哪個文件是直系同源基因 是Orthogroup_Sequences？ 謝謝
生信步驟|Orthofinder尋找直系同源基因
在探究功能基因的時候谅辣，我們經(jīng)常需要對所研究的基因/蛋白質(zhì)進(jìn)行聚類分組修赞，逐個類群探究蛋白功能。創(chuàng)建同源群可以采用Otrhofinder軟件桑阶，該軟件安裝方便柏副，運(yùn)行快速，調(diào)用簡單蚣录，...
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中科院遺傳發(fā)育所在讀博士萎河，研究水稻荔泳。關(guān)注植物免疫和群體遺傳進(jìn)化蕉饼，經(jīng)常摸魚學(xué)生信。同名CSDN分享代碼玛歌，歡迎圍觀~
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秋天該很好支子。
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GeneDoc | 多序列比對總結(jié)
1?? 比對軟件對fasta 序列進(jìn)行比對??比對方法可以有MEGA(ClustalW创肥，Muscle), ClustalX以及MAFFT等軟件。還可以用GeneDoc軟件自身進(jìn)...
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Seqkit小工具處理序列值朋、提取序列IDSeqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件叹侄，由go語言編寫，功能比較完善昨登，軟件使用也很穩(wěn)定圈膏。 優(yōu)點1.能夠非常全面的處理fasta/q文件，運(yùn)行速度超快的序列工具...
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請問這里用了什么軟件看結(jié)構(gòu)域的 沒明白
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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鑒定成功后篙骡，我們點擊Download下載結(jié)果文件稽坤，并將它上傳(復(fù)制)到服務(wù)器上。我們這里認(rèn)定SBT蛋白質(zhì)家族都含有Peptidases_S8這一保守結(jié)構(gòu)域糯俗，因此我們依據(jù)結(jié)果文件對每條序列中是否含有保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行篩選尿褪，發(fā)現(xiàn)第十條序列中并不存在相應(yīng)的保守序列，因此我們結(jié)合這一結(jié)果得到最后的蛋白質(zhì)序列得湘。對其中的序列數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計杖玲，發(fā)現(xiàn)共有54條序列，與文獻(xiàn)中鑒定數(shù)量保持一致淘正。
作者：逐鴻
鏈接：http://www.reibang.com/p/b6a3b085210f
來源：簡書
著作權(quán)歸作者所有摆马。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處鸿吆。基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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更加清晰辣 棒棒
Motif / Domain / Gene family
Motif Motif 是超二級結(jié)構(gòu)α+β組成囤采， Domain 與其他區(qū)域相對獨立，僅有一處相連惩淳，domain可以由幾個motif形成蕉毯。一個基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)分子中可以包含多個...
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Motif / Domain / Gene familyMotif Motif 是超二級結(jié)構(gòu)α+β組成， Domain 與其他區(qū)域相對獨立思犁，僅有一處相連代虾，domain可以由幾個motif形成。一個基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)分子中可以包含多個...
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@鞏翔宇I(lǐng)brahimovic 哈哈 謝謝
2022年度總結(jié)及2023展望
2022年是比較魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以來最大皮肉之苦学辱，整個人從電瓶車上摔了下來乘瓤，身上七七八八的擦傷环形，打完補(bǔ)丁后仿佛是個木乃伊，好在沒有破相和傷到骨頭馅扣。認(rèn)識到了電...
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【科研相關(guān)】使用PPT進(jìn)行科研繪圖(一)寫在前面????PPT堪稱是個神器，不僅能做presentation着降，還能做Figure差油，而且上手還容易，畢竟大多數(shù)人從初中甚至小學(xué)就開始接觸了任洞。我就利用封控期間蓄喇，學(xué)習(xí)了一下...
