最近在做一個分析的時候峻村，需要使用到python涛酗，而我的單細(xì)胞數(shù)據(jù)是seurat對象，所以需要轉(zhuǎn)化一下烘豹，變成h5ad。關(guān)于seurat轉(zhuǎn)h5ad的方法升筏，我們在PAGA那一部分進(jìn)...
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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單細(xì)胞seurat V5轉(zhuǎn)V4格式及seurat轉(zhuǎn)為h5ad格式 -
復(fù)現(xiàn)Cell圖表（片尾彩蛋）：3D餅圖展示細(xì)胞比例先來個簡單的怀酷，之前有小伙伴咨詢一篇Cell文章中的餅圖，展示的是celltype比例崖疤，其實(shí)之前我們寫過很多展示細(xì)胞比例的圖秘车，這里復(fù)現(xiàn)這個3D版的正好彌補(bǔ)我們沒有介紹過3D餅圖...
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復(fù)現(xiàn)Nature圖表：單細(xì)胞UMAP圖指示celltype和marker基因看到了一篇Nature的UMAP圖，展示的是單細(xì)胞劫哼，但是特點(diǎn)是標(biāo)記了celltype的同時指示了marker基因叮趴。顯然這個處理很有特色，我們可以用代碼指示权烧，但是很難一次性達(dá)到...
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decontX：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析去除環(huán)境污染RNA和之前雙細(xì)胞去除一樣眯亦，，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析去除環(huán)境污染RNA也是一個可選的內(nèi)容般码。為什么會出現(xiàn)這么一個問題呢妻率，還是受限于目前的單細(xì)胞技術(shù)而已。通俗的來講板祝，在基于液滴的單細(xì)胞RNA...
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ggplot做分組柱狀圖-箱線圖-小提琴圖添加趨勢線起因是有小伙伴咨詢宫静，做柱狀圖的時候，怎么添加趨勢線，其實(shí)很簡單孤里，添加一個線性擬合圖層即可伏伯。剛好最近看到這種圖，在做分組表達(dá)量箱線圖或者小提琴圖的時候捌袜，在上面添加一個趨勢的擬合...
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ggplot作圖實(shí)現(xiàn)線條注釋-氣泡圖展示單細(xì)胞cluster與celltype注釋好看的圖千千萬说搅，我就中意這一款。關(guān)于作圖的注釋虏等，有很多種方法弄唧，有段時間，我很中意線條式的注釋霍衫。一般情況候引，用AI直接畫挺方便，但是還是想使用代碼進(jìn)行實(shí)現(xiàn)慕淡。發(fā)現(xiàn)ggh4x包有類似...
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氣泡圖展示富集結(jié)果-Ingenuity Pathway Analysis（IPA）結(jié)果展示之一近期在看文獻(xiàn)找圖的時候背伴，看到一篇文章，一個詞走進(jìn)我的眼簾峰髓，Ingenuity Pathway Analysis（IPA）傻寂，很熟悉，又很陌生携兵。熟悉是因?yàn)槲抑烙羞@么個東西疾掰，我也...
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基于cellchat互作分析：弦圖展示細(xì)胞互作受配體對結(jié)果（一鍵函數(shù)）之前微信群里小伙伴求助了一張圖，是一篇NC中關(guān)于cellchat結(jié)果的展示圖徐紧。特點(diǎn)是它的弦圖不像一般圖一樣只展示互作數(shù)目静檬，而是展示細(xì)胞受配體。原文提供了代碼（包括文章其他部分...
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復(fù)現(xiàn)Science圖表-詞云圖|富集分析結(jié)果文字展示形式接粉絲”舉報“并级，對于一篇Science文章中的圖表感興趣拂檩，在復(fù)現(xiàn)的過程中，我發(fā)現(xiàn)另外一張讓人感覺還可以的圖形嘲碧，是關(guān)于富集結(jié)果的展示稻励。富集分析真的已經(jīng)展現(xiàn)過各種形式,例如參考：...
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復(fù)現(xiàn)cell子刊圖表：Seurat包DotPlot純修飾分面氣泡圖展示基因表達(dá)之前我們復(fù)現(xiàn)了一篇文章的GSEA圖（（更新）復(fù)現(xiàn)Cell子刊圖表：GSEA多組結(jié)果可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
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氣泡圖展示cellchat單細(xì)胞互作受配體結(jié)果之前有小伙伴問cellchat結(jié)果氣泡圖展示，不想用cellchat默認(rèn)的愈涩。我記得我寫過還是發(fā)布過望抽，但是找不到了，所以重新寫了一遍履婉，作為參考煤篙！可以單獨(dú)展示，也可以多組比較毁腿！其...
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（更新）復(fù)現(xiàn)Cell子刊圖表：GSEA多組結(jié)果可視化函數(shù)之前我們發(fā)布過一個函數(shù)(花里胡哨|GSEA結(jié)果展示新函數(shù)-gene rank-p.adjust-NES值展示[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=...
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scFEA：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組代謝通量分析這次要介紹的scFEA(單細(xì)胞通量估計分析)也是基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析的辑奈。scFEA由人類代謝圖譜作為重點(diǎn)代謝模塊苛茂、利用scRNA-seq數(shù)據(jù)通量平衡約束的新型概率模型和基...
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（視頻教程-原創(chuàng)函數(shù)）Cellchat受配體多組比較氣泡圖函數(shù)事情是這樣的：前面我們發(fā)布了這樣一款函數(shù)（(原創(chuàng)函數(shù))-Cellchat受配體多組比較氣泡圖函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OT...
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cellphonedb v5受配體多組比較氣泡圖（原創(chuàng)函數(shù)）前面我們發(fā)布了關(guān)于cellchat的函數(shù)(連夜更新---別說兩組了，這個cellchat多組比較氣泡圖函數(shù)10組也能做了[http://mp.weixin.qq.com/s?...
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Seurat包VlnPlot小提琴圖修飾---順帶一個函數(shù)展示基因表達(dá)小提琴圖+細(xì)胞比例餅圖我們很久之前發(fā)布過這樣的帖子（玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&m...
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復(fù)現(xiàn)Nature圖表：分組富集分析條形圖展示通路及基因最近很多博主捅了這篇Nature文章的窩了身害，它的富集分析展示很好味悄，我們這里也復(fù)現(xiàn)一下（群主真容像彭于晏[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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單細(xì)胞celltype顏色草戈、順序設(shè)置今天我們這一期要說的內(nèi)容其實(shí)很簡單塌鸯，之前我們在寫其他內(nèi)容的時候或多或少的提到過，但是奈何問的人實(shí)在很多唐片，次數(shù)也很多丙猬，所以索性這里出個帖子，將這個問題直接綜合起來講一下费韭。這個內(nèi)...
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ggplot繪制韋恩圖-添加文字/圖片注釋之前有小伙伴咨詢了一個韋恩圖茧球，其實(shí)韋恩圖很簡單，很多在線工具星持，代碼的話不論是R還是python都有各種各樣的包或者方法實(shí)現(xiàn)作圖抢埋。但是他的需求是如何指示文字，一般的方法當(dāng)然是使...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化很久以前督暂，我們在寫單細(xì)胞分析的時候揪垄，就寫過GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis逻翁，能夠分析基因集/通路的活性程度饥努，具體的原...