上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估涕烧，同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下來就是對p...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對peaks進(jìn)行注釋和可視化 -
學(xué)習(xí)下研究比較熱的基因劉小澤寫于18.12.25各種各樣的基因研究，總有那么些經(jīng)典的基因瞻坝，如果不理解基因代表的生物學(xué)意義蛛壳，那么做分析也是阻礙重重，所以所刀，通過看文獻(xiàn)查資料衙荐，希望可以補(bǔ)一下這方面的背景...
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簡單理解RNA-Seq今天就當(dāng)一個(gè)小故事看吧，看了statQuest勉痴，感覺講的很棒赫模，于是分享給大家原版視頻后臺(tái)回復(fù)“RNAseq”??花花今天效率太低寫不完推送，于是我從晚上10點(diǎn)半開始幫她蒸矛，有點(diǎn)緊...
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用tophat和cufflinks分析RNAseq數(shù)據(jù)(2018-05-28)
轉(zhuǎn)自：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213 用tophat和cu...
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tophat軟件比對-實(shí)戰(zhàn)（2018-05-29）1 比對的是：使用idba_ud拼接的AER314-4raw_data基因組與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)瀑罗。 2 bowtie2做index（bowtie2使用conda安裝） 建索引：bow...
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單端測序與雙末端測序問題
問題 Paired-End測序與Mate-Pair測序相對于單端測序有何優(yōu)勢胸嘴？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥關(guān)系？它們是如何參與拼接和比對的呢斩祭？ M...
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UV-M6A 數(shù)據(jù)分析流程
fastq測序文件去除rRNA劣像、mapping input（雙端測序） for i in UV_12h UV_2h WT_2h WT_12h ; do bowtie2 -x ...
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【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片數(shù)據(jù)我2017年用的域名失效了，我之前那個(gè)網(wǎng)站也沒用了摧玫，所以這篇文章之前提供的鏈接跳轉(zhuǎn)不過去耳奕。我現(xiàn)在直接在簡書提供全文，然后新的鏈接是：https://www.shixiangw...
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表達(dá)矩陣的合并劉小澤寫于2018.8.20利用htseq-count蛋褥、featureCounts等定量軟件生成的counts計(jì)數(shù)文件都是單獨(dú)的临燃，后續(xù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)需要將它們匯集到一起 實(shí)例測試（...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)炬转，jimmy
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真正的Excel辆苔，其實(shí)你只用過1%
衣帶漸寬終不悔，為“表”消得人憔悴扼劈。 進(jìn)入職場以后你才發(fā)現(xiàn)驻啤，差不多有一半的時(shí)間都耗在表格上了。 今天特意整理了Excel大家庭中那些可能不常用的神技荐吵，拯救正...
