作者鄙漏，Evil Genius hello，好久不見，最近一直在忙空間轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)班的事情汉嗽，簡書更新較少漂问，大家感興趣可以去B站看看上課的視頻捺疼，希望對大家有所幫助余寥。 今天我們需要分...
發(fā)簡信
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空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之生態(tài)位聚類（Banksy） -
cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢帝蒿，就是我這個垃圾1荐糜、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理需求 和這一篇的需求一致，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同葛超，最終都是為了得到表達矩陣暴氏，今天介紹的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它绣张。找不...
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如何實現(xiàn)GSEA-基因富集分析答渔？基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一種針對全基因組表達譜芯片數(shù)據(jù)的分析方法侥涵，將基因與預(yù)定義的基因集進行比較沼撕。即綜合現(xiàn)有的對基...
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Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)讀 用R軟件corr.test函數(shù)進行兩組數(shù)組的相關(guān)性分析燃箭，用Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖冲呢。 一、輸入數(shù)據(jù) 代謝數(shù)據(jù)：metabo.txt 16S數(shù)據(jù)：genus.tx...
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TCGA文章復(fù)現(xiàn)——LncRNA-CRC預(yù)后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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Linux安裝R包TwoSampleMR遇見的報錯
最近一位老友在倒騰GWAS的研究招狸，發(fā)現(xiàn)R包TwoSampleMR用于pQTL的分析敬拓，讓我在Linux系統(tǒng)上幫忙安裝下，根據(jù)網(wǎng)頁的安裝提示進行操作（https://g...
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#circRNA從入門到精通#circRNA從入門到精通[https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&action=ge...
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SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)進化樹大概是長期的不鍛煉使得今天的爬山運動過量了裙戏，接著悲劇就是無法入眠乘凸。也幸虧明天是周日，干脆就起床碼字了累榜∮冢總結(jié)下自己前面用snp構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的方法吧。 1.構(gòu)建進化樹的算法 構(gòu)...
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snp數(shù)據(jù)構(gòu)建NJtree（phylip軟件）參考鏈接 SNP數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)進化樹 - 簡書[http://www.reibang.com/p/57599b6a71e8]http://www.reibang.com/p...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads壹罚，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA葛作，到表達矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads猖凛，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA赂蠢，到表達矩陣【二】 因為之前碰到...
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方便快捷的smallRNA數(shù)據(jù)分析流程前言 ??今天來跟大家分享一個smallRNA的分析流程——sRNAnalyzer[http://srnanalyzer.systemsbiology.net/]。這個流程是...
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ggplot2之顏色設(shè)置
該文章為個人為了復(fù)習(xí)總結(jié)的筆記辨泳，參考來源為： https://www.sohu.com/a/348752646_785442 http://www.reibang.com/...
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MutSigCV進行突變負(fù)荷分析尋找Driver Gene
本文的安裝方法是有Matlab授權(quán)虱岂，運行MutSig源代碼的方法。 如果沒有Matlab授權(quán)菠红，可以 http://www.mathworks.com/products/com...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）降維分析之UMAPhello第岖，大家好，關(guān)于降維算法试溯，在之前分享的文章10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）降維分析之tSNE（算法基礎(chǔ)知識）[http://www.reibang.com/p/0f...
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CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細(xì)胞間通訊分析 自從周運來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程蔑滓，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
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簡單介紹IGV軟件的安裝和使用
最近遇到了一個售后耍共，客戶在使用IGV時遇到問題烫饼，我之前也沒有用過此軟件。現(xiàn)在便把安裝過程記錄一下试读。 IGV（The Integrative Genomics Viewer）這...