Orthologs（直系同源基因）: homolog的一種。在兩個物種形成之前，是它們共同祖先里面的一個基因，跟著新主子去了新形成的物種艺晴，之后可能各自有一些不同的變化。是不同...
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OrthoFinder尋找同源蛋白 -
MeMe——motif 分析download motif database 下載motif的database 運行MEME-CHIP -o summit.l50.r50.meme-chip: S...
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Win11系統(tǒng)安裝WSL時的報錯和解決方法
安裝Ubuntu系統(tǒng) 1.設置 打開控制面板 -- 程序 -- 啟動或關閉Windows功能 -- 勾選"適用于Linux的Windows子系統(tǒng)" 和 "虛擬機平臺" -- ...
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seqtk 基因組進行格式化，固定60bp換行茂嗓。
seqtk 是一個快速和輕量級的工具餐茵，用于處理序列數據。要將基因組解析處理述吸，使每條染色體變成60bp一行忿族，可以使用 seqtk seq 命令。 假設你有一個基因組文件 gen...
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conda 安裝micromamba
確保 micromamba 安裝在 conda 環(huán)境中 初始化 micromamba Shell Hook運行以下命令來初始化當前的 shell： 初始化 micromamb...
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安裝mamba 以及打包并遷移環(huán)境
1. 創(chuàng)建文件夾 2.下降mamba文件 3. 解壓 4.配置環(huán)境變量 5. 設置源肠阱，將以下內容保存到~/.mambarc 即可票唆。 創(chuàng)建環(huán)境 python=2.7 并安裝軟件...
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windows中 Excel導出文件多換行符問題
最近遇見一個奇葩問題，從excel 導出的文件屹徘，導入服務器進行處理老是報錯走趋。 后來發(fā)現原來windows導出后自帶換行符。 例如 使用cat -v命令顯示文件中的非打印字符：...
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從SAM文件中提取已比對的reads并輸出為雙端FASTQ文件
將SAM文件轉換為BAM文件：首先噪伊，將SAM文件轉換為BAM文件簿煌，這樣更容易處理〖担可以使用samtools進行轉換： 從BAM文件中提取比對上的reads：使用samtool...
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計算Veen圖中的P values這里的a為A數據集的基因數姨伟，b為B數據集的基因數，inter為兩者交集的基因數豆励。 這里需要解釋的是代碼phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower...
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利用Tbtools提取Fasta序列1.打開軟件--Fasttools----》Fast Extract(recommended) 2. 建立基因組索引 3. 設置輸出數據路徑 4.設置輸入數據夺荒，\t f分開。...
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提取Rice RNA-seq Database（南方科大）數據1. 數據來源于這個網站良蒸，下載水稻所有RNA-seq數據 2. 準備自己的基因IDs文件, 注意基因是一行技扼，而且空格隔開。 3. 利用腳本提取所有目標基因的所有樣本的表達譜數...
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ChIP-seq 質量檢測1. Call peaks 并去除blacklists 2. 計算文庫復雜度 #注意這里采用的是未過濾的bam files办斑。 3. 計算FRIPs 4. 計算cross c...
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數據前期準備----基因組數據和注釋文件處理包括fasta文件處理，以及gff3轉gtf杆逗，gtf轉bed文件 1. 下載數據 2.基因組序列處理 2.1處理前 2.2 處理后 3. 構建 index, 第二列代表序列長...