關(guān)于snpEff：SNPeff比bcftools具有更多的注釋功能。snpeff是用于變異注釋的軟件，其中的eff是effect的意思，也就是變...
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snpEff注釋vcf -
snpEff注釋變異位點(diǎn)信息SnpEff是一種變體注釋和效果預(yù)測(cè)工具，它注釋和預(yù)測(cè)遺傳變異的影響（例如氨基酸變化）恕齐。 1. 軟件安裝 2. 運(yùn)行 2.1 構(gòu)建SnpEff數(shù)...
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最全bcftools使用說(shuō)明--只看本文就夠了1 簡(jiǎn)介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式吆豹、壓縮的VCF格式以及B...
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重測(cè)序數(shù)據(jù)（簡(jiǎn)化基因組和非簡(jiǎn)化基因組）的Clean data 到snp-indel的vcf步驟
最近有多個(gè)朋友問(wèn)我關(guān)于二代重測(cè)序數(shù)據(jù)的分析問(wèn)題（clean data 到vcf），我寫(xiě)了一個(gè)完整的步驟如下理盆，若你是多個(gè)樣品進(jìn)行分析痘煤，最好是寫(xiě) 循...
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2018-02-07 記錄一次變異檢測(cè)實(shí)戰(zhàn)過(guò)程
1 原始材料準(zhǔn)備 雙端測(cè)序材料： R1.fq R2.fq參考基因組： MH63.fa基因組注釋文件: gff gft gff3 2 軟件準(zhǔn)備 f...
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snpEFF的使用
0.關(guān)于snpEff，建議大家去官網(wǎng)[http://snpeff.sourceforge.net/index.html]看一下作者猿规。逝者已去衷快，深...
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CNVnator安裝使用說(shuō)明最近在做WES數(shù)據(jù)分析，后期需要檢測(cè)樣本CNV的結(jié)果姨俩，于是看到cnvnator這個(gè)軟件蘸拔，導(dǎo)致我未來(lái)的一周在坑中度過(guò)，翻看別人寫(xiě)的博文环葵，不懂（什么...
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WGS--bwa+gatk+snpEff流程
一调窍、step0.0.creat_dirlist.sh 二、step0.environment 三张遭、step1.bwa+sort+markdup+...
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基因型填充之后如何過(guò)濾比如 個(gè)體分型率 < 90% 某一個(gè)樣本測(cè)出來(lái)的標(biāo)記小于全部標(biāo)記的90% 標(biāo)記分型率 < 90% 某一個(gè)標(biāo)記只在小于90%的樣本中存在 最小等位...
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GWAS 總體流程理解版
自己找了一些文章和視頻邓萨，先總結(jié)了一部分，后面再做補(bǔ)充和實(shí)操 一. 相關(guān)概念理解 （1）GWAS： 全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”菊卷，使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性...
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