泛基因組_從頭學(xué)習(xí)_ - 專題

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autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個(gè)Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進(jìn)行注釋奶躯，自動(dòng)按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個(gè)樣本單獨(dú)一個(gè)...

1.3 大壞蛋HYB 27 11
【動(dòng)植物研究動(dòng)態(tài)】20220815文獻(xiàn)解讀
Hortic Res | 武漢大學(xué)李家儒：盾葉薯蕷高質(zhì)量基因組解析與薯蕷皂苷生物合成進(jìn)化[https://mp.weixin.qq.com/s/...

1.9 生物信息與育種 0 5

對(duì)生成的bin進(jìn)行合并亿驾、注釋嘹黔、評(píng)估
四個(gè)環(huán)境gtdbtk、pangenome莫瞬、minigraph儡蔓、drep、metawrap-env gtdbtk可以對(duì)所有bin進(jìn)行注釋疼邀，可以看...

dashan1928 2 0
人類泛基因組草圖發(fā)布
近日喂江，人類泛基因組參考聯(lián)盟（HPRC）在《Nature》雜志上發(fā)表了《人類泛基因組草圖》。相較于我們常用的GRCh37旁振、GRh38 等線性參考基...

0.6 生信小書(shū)童 0 7
比較基因組學(xué)在細(xì)菌基因組中的應(yīng)用
更多案例分享：基因組測(cè)序在細(xì)菌基因組中的應(yīng)用[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weix...

0.7 上海唯那生物 0 14
利用泛基因組挖掘目標(biāo)細(xì)菌的靶標(biāo)基因-Roary,gbksplit和TBtools
準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋获询，使用prokka進(jìn)行注釋涨岁，獲得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū)...

0.5 大壞蛋HYB 0 9
“人類泛基因組項(xiàng)目”-將人類的遺傳變異一網(wǎng)打盡＜（轉(zhuǎn)）
研究人員正在創(chuàng)建一個(gè)體現(xiàn)全人類基因變化的人類“泛基因組”梢薪，然而不是每個(gè)人都想?yún)⑴c。幾年前尝哆，美國(guó)華盛頓大學(xué)的遺傳學(xué)家Evan Eichler徹底...

2.1 天涯清水 0 3

文獻(xiàn)導(dǎo)讀：小立碗蘚三維發(fā)育的細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄組分析
在上一篇導(dǎo)讀中提到秉撇，目前在做小立碗蘚的單細(xì)胞測(cè)序，相關(guān)的maker gene已經(jīng)能發(fā)掘到很多秋泄，還缺少轉(zhuǎn)型期相關(guān)的maker gene琐馆，看到了20...

0.3 周小釗 0 2
國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA
前言在發(fā)表文章之前我們需要將測(cè)序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫(kù)，并在文中提供accession number恒序，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開(kāi)共享啡捶，這是國(guó)際慣例。以...

0.8 sisichen 1 14
公共數(shù)據(jù)庫(kù)+泛癌分析奸焙，全基因組DNA甲基化相關(guān)也能輕松6分+
Genome-wide DNA methylation profiling and identification of potential pa...

2.5 生信學(xué)霸 0 11