806篇文章 · 2027000字 · 22人關(guān)注
-
腳本更新----細(xì)胞的空間臨近性分析
作者渣刷，Evil Genius 希望我也無(wú)奈去搞盜版的時(shí)候，大家能理解~~~廉嚼，辛苦創(chuàng)作是真的不如搞盜版玫镐，而且搞盜版的我發(fā)現(xiàn)在碩士博士，醫(yī)學(xué)生群體口...
-
腳本更新----空間鄰域差異分析（高精度平臺(tái)怠噪，Xenium恐似、CosMx、CODEX傍念、圖像分割Stereo-seq矫夷、HD）作者，Evil Genius 今天的目標(biāo)憋槐，實(shí)現(xiàn)如下的分析 對(duì)于空間轉(zhuǎn)錄組而言双藕，高精度平臺(tái)圖像分割獲取單細(xì)胞精度的矩陣絕對(duì)是必做的。大家如果選擇做...
-
腳本更新----空間轉(zhuǎn)錄組信號(hào)流COMMOT與空間inferCNV（封裝版）作者阳仔，Evil Genius 針對(duì)visium忧陪、bin模式的Stereo-seq、HD等的腳本更新。 對(duì)于單細(xì)胞而言嘶摊，大家網(wǎng)上找點(diǎn)代碼分析出個(gè)結(jié)...
-
課程補(bǔ)充----單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之RCTD封裝版（針對(duì)visium延蟹、bin模式的Stereo-seq、HD）作者更卒，Evil Genius 關(guān)于RCTD等孵，本來(lái)都不打算更新了，R版本的聯(lián)合分析我覺(jué)得大家自己寫寫就完了蹂空，現(xiàn)在看來(lái)俯萌，還是需要整理一下。 文章在R...
-
流程更新----空間細(xì)胞聚類及配受體共現(xiàn)分析（針對(duì)visium上枕、bin模式的Stereo-seq咐熙、以及HD）作者，Evil Genius 今天我們分享一個(gè)簡(jiǎn)答的內(nèi)容辨萍，空間細(xì)胞聚類與配受體共現(xiàn)棋恼。 今年的空間課程給了大家一個(gè)方法，當(dāng)然了锈玉，都可以用爪飘，也都有...
-
頂刊方法補(bǔ)充---腫瘤演化與微環(huán)境相互作用作者，Evil Genius 周末了拉背，我們復(fù)習(xí)一下师崎，高分文章的方法補(bǔ)充，文章在 (1)WES數(shù)據(jù)分析,如下 1椅棺、BWA-mem比對(duì)（GRCh38...
-
流程升級(jí)---通過(guò)生態(tài)位差異分析確定細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變的外在驅(qū)動(dòng)因素作者犁罩，Evil Genius 今年不知道大家過(guò)的怎么樣？掙到錢了么两疚？文章發(fā)表了沒(méi)床估？光陰似箭，大家珍惜讀書的大好時(shí)光诱渤。 我們今天的分析從空間轉(zhuǎn)錄組...
-
流程更新----10XHD的tiff圖片結(jié)合cellpose進(jìn)行細(xì)胞分割分析獲取單細(xì)胞級(jí)別的空間表達(dá)矩陣作者丐巫，Evil Genius 不止一次的說(shuō)過(guò)，做HD勺美、Stereo-seq鞋吉，盡量不要再用bin分割模式，采用圖像識(shí)別的圖像分割模式励烦，獲取單細(xì)胞級(jí)...
-
流程升級(jí)---空間鄰域聚類分析與分層分析（高精度平臺(tái)，Stereo-seq泼诱、HD坛掠、Xenium、CosMx）作者，Evil Genius 我們今天要實(shí)現(xiàn)的目標(biāo)是屉栓，依據(jù)細(xì)胞鄰域的不同進(jìn)行細(xì)胞類型的分層聚類舷蒲。 我們?cè)诜治龈呔绕脚_(tái)的時(shí)候，通過(guò)基礎(chǔ)分析友多，會(huì)拿...
