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10x HD圖片配準(zhǔn)目前經(jīng)手的10x HD數(shù)據(jù)，基本上都要進(jìn)行圖像配準(zhǔn)乎澄。建議先人工對(duì)齊突硝，然后再進(jìn)行spaceranger分析，以免分析完成后發(fā)現(xiàn)對(duì)不起齊置济，還要在調(diào)整...
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空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理解恰？從github上參考作者回復(fù)，有個(gè)函數(shù)來(lái)生成整體的hvg Y...
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多組cellchat數(shù)據(jù)分析
1. 合并多組數(shù)據(jù) 2.繪制兩組circle圖 3.繪制兩組bubble圖 更多詳情，可查看官方說(shuō)明Comparison_analysis_of...
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scDRSMAGMA安裝 下載linux版本，在服務(wù)器解壓即可使用吮炕。 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 gene location數(shù)據(jù)image.png reference da...
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使用GWAS分析與疾病相關(guān)的細(xì)胞類(lèi)型
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p...
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DecontX - 去除單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中環(huán)境RNA污染
DecontX是一種通過(guò)去除RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中非細(xì)胞信號(hào)的工具羡宙，它適用于單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)和高通量RNA測(cè)序數(shù)據(jù)泳炉。https://github....
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細(xì)胞通訊iTALK使用 - 獲取pathway LR信息使用方法參考大佬寫(xiě)的就行 http://www.reibang.com/p/dfe35a2a02d4[https://www.jianshu....
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空間轉(zhuǎn)錄組-如何手動(dòng)選擇區(qū)域通常的空間轉(zhuǎn)錄組分析是基于降維聚類(lèi)劃分cluster，再進(jìn)行cluster細(xì)胞注釋。或者使用反卷積工具與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析得到spot中細(xì)胞比...
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gene symbol 與 entrezid 轉(zhuǎn)換
參考Gene id 轉(zhuǎn)換(四種基因各種id轉(zhuǎn)換方法)[https://blog.csdn.net/weixin_40739969/article...