DecontX是一種通過(guò)去除RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中非細(xì)胞信號(hào)的工具伏恐，它適用于單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)和高通量RNA測(cè)序數(shù)據(jù)律姨。
https://github.com/campbio/celda
DecontX的工作原理是基于兩個(gè)假設(shè)：（1）在RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中形用，非細(xì)胞信號(hào)包含了許多外源性RNA（例如病毒计福、細(xì)菌豌鹤、寄生蟲(chóng)等）和內(nèi)源性RNA（例如rRNA蝉绷、tRNA、miRNA等）锄禽，這些RNA并不會(huì)貢獻(xiàn)到真正的細(xì)胞類(lèi)型鑒定和表達(dá)定量上潜必；（2）非細(xì)胞RNA的比例在樣本之間存在差異靴姿，因此可以利用這種差異來(lái)區(qū)分細(xì)胞RNA信號(hào)和非細(xì)胞RNA信號(hào)沃但。
DecontX先將RNA測(cè)序數(shù)據(jù)按照基因進(jìn)行分類(lèi)，然后利用一系列策略去除外源性RNA和內(nèi)源性RNA佛吓。最后宵晚，DecontX使用一個(gè)模型來(lái)估計(jì)每個(gè)細(xì)胞的非細(xì)胞RNA信號(hào)占比，并根據(jù)這個(gè)信號(hào)占比來(lái)對(duì)細(xì)胞進(jìn)行過(guò)濾和去除维雇。這樣就可以降低樣本中非目標(biāo)細(xì)胞的影響淤刃，從而提高細(xì)胞類(lèi)型鑒定和表達(dá)定量的精度。
DecontX分析做了什么吱型？
- 去除了污染的細(xì)胞逸贾，細(xì)胞數(shù)會(huì)有減少。
- 矯正了基因表達(dá)量津滞，基因表達(dá)量矩陣有變化铝侵，不再是整數(shù)。后續(xù)做monocle有一個(gè)bug触徐，monocle的輸入矩陣需要是整數(shù)咪鲜，這里要做一下取整處理。
