在閱讀文獻的過程中婆硬，偶然發(fā)現(xiàn)了一個我不知道的名詞“shadow enhancers”。所以為了更深一層了解文獻內(nèi)容幕帆，就簡單的查閱了一下關(guān)于sha...

2021年開年第一篇筆記~ 這篇筆記主要記錄DiffBind包的學習岩榆。在很久以前我寫過一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析練習[h...

FIMO官網(wǎng)教程 官網(wǎng)：這里[http://meme-suite.org/doc/fimo-tutorial.html?man_type=web...

關(guān)于查找motif各薇，目前有很多種軟件可以進行預測项贺。我所在的實驗室通常使用FIMO（MEME套件里的一個），但是有很多文獻里也提到了HOMER這個...

之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時候峭判，一般就是只看某一個基因附近的peaks开缎，或者同時打開好幾個IGV界面(sessions)查看多個基...

參考文章：1.使用GREAT對peak進行功能注釋2.用網(wǎng)頁版工具GREAT來對CHIP-seq的peaks進行下游功能分析 前幾天老板心血來潮...

關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯林螃，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜...

如果你有一條序列或者多條序列奕删，想知道有哪些轉(zhuǎn)錄因子可能結(jié)合在上面？前兩天老板推薦我使用MEME-CHIP網(wǎng)站預測（我們實驗室經(jīng)常使用的）疗认，當然還...

上一篇文章里講到了如何進行ATAC-seq的簡單分析（ATAC-seq分析練習）完残。在文獻中（Cell Stem Cell 2017 Nov 2;...