FIMO官網(wǎng)教程
官網(wǎng)：這里
（一）什么FIMO慎框？
FIMO掃描一組序列棚菊，用每條序列來以匹配你提供的motifs艘儒。換言之辕漂，你需要提供你的序列（比如ChIP-seq峰，或者ATAC-seq峰蝠嘉，或任何你感興趣的序列片段）灯萍；并且，你還需要提供motif文件端铛，目的就是要查看感興趣的序列里有沒有這些motif泣矛。
FIMO這個(gè)名字的意思是“Find Individual Motif Occurrences”。該程序?yàn)橐阎膍otif在一組序列里搜索沦补，查看是否存在乳蓄。motif必須是MEME Motif格式（具體格式請參考這里）。在線版的FIMO還允許你輸入其他格式的motif夕膀。
注意:FIMO不會(huì)對包含模糊字符的序列位置進(jìn)行評分虚倒。
（二）FIMO的應(yīng)用
（1）確定轉(zhuǎn)錄因子(TF)motif在一個(gè)或多個(gè)啟動(dòng)子序列中匹配的所有位置。
（2）使用已知motif(來自提供的數(shù)據(jù)庫之一)或由motif發(fā)現(xiàn)算法(如MEME 或DREME)發(fā)現(xiàn)的新motif产舞，準(zhǔn)確預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子在其每個(gè)ChIP-seq峰中的結(jié)合位置魂奥。
（3）確定一個(gè)蛋白motif在一個(gè)或多個(gè)蛋白序列中匹配的所有位置。
（三）FIMO是如何工作的易猫？
FIMO將每個(gè)輸入motif轉(zhuǎn)換為一個(gè)log-odds PSSM耻煤，并使用每個(gè)PSSM獨(dú)立掃描輸入序列。它報(bào)告每個(gè)序列中匹配一個(gè)具有統(tǒng)計(jì)意義的log-odds分?jǐn)?shù)的motif的所有位置准颓。
（四）序列Database
這些序列應(yīng)該都在相同的序列字母表哈蝇。它們的長度可以不同。例如攘已，它們可以是一組被認(rèn)為是協(xié)同調(diào)節(jié)的啟動(dòng)子炮赦，或一組ChIP-seq區(qū)域，或有機(jī)體的蛋白質(zhì)組样勃。（用簡單的話說就是：你輸入的序列要么都是DNA序列吠勘，要么都是蛋白質(zhì)序列性芬，不能兩個(gè)混著作為輸入序列）
（五）準(zhǔn)備序列文件
各種MEME套件程序需要一個(gè)蛋白質(zhì)、DNA剧防、RNA或其他一些潛在的自定義序列的文件作為輸入植锉。這些輸入文件必須是FASTA格式，它必須是純文本峭拘，而不是WORD俊庇、.doc、.docx棚唆、.rtf或任何其他文字格式暇赤。
格式規(guī)范
每個(gè)FASTA條目由一個(gè)序列標(biāo)識符行后跟一個(gè)或多個(gè)序列行組成。序列標(biāo)識符行以第1列中的“>”字符開始宵凌，必須緊接其后是序列標(biāo)識符(ID)鞋囊。ID后面可以跟一個(gè)(可選的)序列描述(注釋)∠贡梗“>”和ID之間可以沒有空格溜腐，但是必須用空格分隔ID和注釋。格式是這樣的:
>ID1 COMMENT
SEQUENCE
SEQUENCE
...
>ID2 COMMENT
SEQUENCE
...
NOTE：
（1）對于DNA瓜喇、RNA和蛋白質(zhì)等序列來說挺益，大小寫并不重要。
（2）序列中的空白(空格和換行)將被忽略乘寒。
（六）Motif文件格式
除了序列文件望众，還需要準(zhǔn)備motif文件。這個(gè)文件你可以自己構(gòu)建伞辛，也可以直接下載數(shù)據(jù)庫烂翰。如果是自己構(gòu)建的motif文件，應(yīng)該像下面這樣：
格式規(guī)范：
包括以下部分:
版本(必需): 這一行必須出現(xiàn)在文件中任何其他部分之前蚤氏。版本號必須是MEME Suite的版本號甘耿。
Alphabet(推薦)：Alphabet告訴MEME Suite，motif是以DNA還是RNA竿滨，或者蛋白質(zhì)的字母出現(xiàn)的佳恬。如果這一行沒有出現(xiàn)，那么MEME Suite可以嘗試從背景或motif本身中發(fā)現(xiàn)這一點(diǎn)于游。
鏈(可選)：只對互補(bǔ)字母(如DNA)的motif有意義毁葱，并表明motif是否由給定和反向互補(bǔ)的鏈所創(chuàng)造。如果這一行沒有提供贰剥，那么MEME Suite就會(huì)假定互補(bǔ)字母的motif是由這兩條鏈創(chuàng)造的头谜。
Background frequencies背景頻率(推薦)：
背景頻率告訴MEME Suite，motif字母表中的每個(gè)字母在用于創(chuàng)建motif的源序列中有多普遍鸠澈。如果沒有提供背景頻率柱告，那么MEME Suite套件將采用統(tǒng)一的背景頻率。
Motifs(必需)：關(guān)于這部分的格式請看下面笑陈。
對于每個(gè)motif文件里的motif部分還需要包括以下內(nèi)容：
Motif name(需要)：
motif名稱行表明一個(gè)新的motif的開始际度，并為它指定一個(gè)標(biāo)識符，在該文件里必須是唯一的涵妥。不能包含空格或等號(=)乖菱。
Motif letter-probability matrix (必需)：包含字母表中每個(gè)字母的概率，所以每行的概率之和必須為1蓬网。
Motif URL(可選)
這里我下載的是Jaspar數(shù)據(jù)庫中motif文件窒所，官網(wǎng)在這里：http://jaspar.genereg.net/downloads/，你可以選擇下載一個(gè)一個(gè)的motif文件帆锋，也可以選擇下載合并在一個(gè)文件里的motif文件吵取。
（七）在線版FIMO軟件使用
MEME suite里的每個(gè)套件都有在線版和command line版，我就直接使用在線版的了锯厢，因?yàn)楹芊奖闫す伲挥迷儋M(fèi)時(shí)去安裝MEME套件。FIMO的在線版網(wǎng)站：http://meme-suite.org/tools/fimo
運(yùn)行后（運(yùn)行時(shí)間取決于你的序列多少）实辑，頁面會(huì)自動(dòng)轉(zhuǎn)換：
（八）輸出文件
如果你使用的是command line運(yùn)行的FIMO捺氢，F(xiàn)IMO將創(chuàng)建一個(gè)目錄，名為fimo_out剪撬。目錄中任何現(xiàn)有的輸出文件都將被覆蓋摄乒。該目錄將包含:
HTML：一個(gè)HTML文件，它以可讀的格式提供結(jié)果
fimo.tsv ：一個(gè)tsv(tab分隔)文件残黑，適合腳本解析和Excel查看
fimo.gff ：一個(gè)GFF3格式的文件馍佑，以適合在UCSC基因組瀏覽器中顯示
cisml.xml：以CisML模式提供結(jié)果
fimo.xml：描述FIMO的輸入并引用CISML文件CISML .xml
打開HTML文件，這是一個(gè)很長的文件萍摊，開頭長這樣：
在motif文件的后面是輸出的結(jié)果：
上面這個(gè)表和fimo.tsv 輸出文件是一樣的：
$ head fimo.tsv
motif_id motif_alt_id sequence_name start stop strand score p-value q-value matched_sequence
MA0155.1 INSM1 peak_3_1 306 317 + 18.3571 2.2e-07 0.00039 TGTCTGGGGGCA
MA0478.1 FOSL2 peak_5_1 28 38 - 16.7455 3.73e-07 0.000696 GGGTGACTCAG
MA0500.2 MYOG peak_3_1 226 237 + 15.4037 4.31e-07 0.000355 CAGCAGCTGCTT
MA0500.2 MYOG peak_3_1 226 237 - 15.4037 4.31e-07 0.000355 AAGCAGCTGCTG
MA0591.1 Bach1::Mafk peak_5_1 25 39 - 18.3158 4.81e-07 0.000771 AGGGTGACTCAGCCC
MA1642.1 NEUROG2(var.2) peak_5_1 47 59 - 15.2358 6.08e-07 0.00106 GGACCAGATGGCC
MA1638.1 HAND2 peak_5_1 48 57 - 13.8143 7.46e-07 0.00126 ACCAGATGGC
MA0816.1 Ascl2 peak_3_1 227 236 + 16.9143 7.46e-07 0.00073 AGCAGCTGCT
MA0816.1 Ascl2 peak_3_1 227 236 - 16.9143 7.46e-07 0.00073 AGCAGCTGCT
