背景說明：

腫瘤不只原發(fā)灶與癌旁，還有很多其他位置的病理組織散怖，比如淋巴結轉移喷兼，以及周圍腫瘤細胞的聚集體（非原發(fā)灶）篮绰。腫瘤細胞聚集體的重要性比不上原發(fā)灶，但也應該要考慮研究的季惯。本研究收集結直腸病人淋巴結轉移位置與腫瘤細胞聚集體的標本進行空間組學分析（一塊組織分割多個小塊吠各，分別做組學）臀突。

實驗設計：

轉錄組：涉及10個病人，每個病人都有淋巴結轉移與腫瘤細胞聚集體兩類組織贾漏，?這兩類組織分割多點取樣狐榔。

蛋白組：涉及12個病人（跟轉錄組不是同一批病人）髓绽，取樣方法同轉錄組

分析結果：

思考：從實驗設計看揣云，數據只有2個組人芽，一個淋巴結轉移一個腫瘤細胞聚集體。正常思路是二者做差異分析伍掀，找差異基因掰茶，功能富集探討二者區(qū)別。我們看看文獻都做了什么...

1. 轉錄組比較淋巴結轉移與腫瘤細胞聚集

????對兩類組織做轉錄組的差異分析蜜笤，得到top100個差異基因濒蒋，對該100基因，約50+樣本數據（多點分割）進行聚類以探討這些樣品的大致模式瘩例。沒有提到癌旁啊胶，可以用細胞角蛋白陽性（代表腫瘤）和細胞角蛋白陰性（代表癌旁/腫瘤微環(huán)境）。（思考：人為劃分出來了癌與癌旁垛贤，數據變成了四個組焰坪，淋巴結癌與癌旁，腫瘤聚集物癌與癌旁）

A：淋巴結轉移（LNM)與腫瘤細胞聚集物(TDs)的聚類熱圖聘惦，腫瘤組分成3個群某饰，發(fā)現1，2群兩類主要是淋巴結轉移善绎，但3群黔漂，更傾向于富集到腫瘤細胞聚集物標本，說明腫瘤細胞聚集物有明顯的獨立的基因表達特征禀酱。癌旁組織（TME）的聚類分析炬守，分成2個群，也說明淋巴結轉移與腫瘤細胞聚集物明顯不同剂跟。

B：火山圖减途。C：GSEA富集分析展示上下調通路。提示淋巴結里免疫細胞和炎癥信號傳導功能增強曹洽，而腫瘤細胞聚集物里基質重塑鳍置、細胞運動以及MET和PDGF信號增強。

（思考：4個組送淆，拆成2個圖展示税产，分亞群，展示差異基因及通路，分亞群前提是樣本量大一些辟拷，很多文章會對每個亞群展開討論基因和通路）

2. 蛋白組比較淋巴結轉移與腫瘤細胞聚集

??對兩類組織做蛋白組的差異分析撞羽，得到top100差異蛋白，對該100蛋白做熱圖聚類梧兼。獲得亞群信息放吩，并展示熱圖智听，通路富集羽杰。（思考：方法同轉錄組，區(qū)別在于沒有對腫瘤與癌旁分開展示到推，估計是蛋白樣本量不夠大考赛，圖分開很難看）

A：分亞群，Cluster1更多腫瘤聚集物標本莉测，Cluster2更多淋巴結轉移標本颜骤，Cluster3兩者都有。

B:熱圖捣卤，C通路圖忍抽；D圖:挑了一個EMT通路做熱圖展示（思考：圖不夠的時候，慣用伎倆董朝，選某個功能基因集熱圖展示）鸠项。

此處還挑了基因做免疫組化驗證：比如SFPR2

3.?免疫浸潤分析（細胞類型占比）

多種細胞類型在淋巴結轉移與腫瘤細胞聚集物是不同的。腫瘤細胞聚集物中有更多的

成纖維細胞子姜、巨噬細胞和調節(jié)性T細胞組成祟绊。

4. HE染色病理分析（探討病理特征在淋巴結和腫瘤細胞的不同）

此處，研究病理的更懂哥捕，不做更多探討（因為看不懂）

全文思考：1牧抽，本研究使用兩個組學比較兩類組織的區(qū)別（淋巴結轉移和腫瘤細胞聚集物），轉錄組引入癌旁遥赚，蛋白組未引入扬舒。

2. 轉錄組與蛋白組之間沒有較多的比較分析，比如交集基因有多少凫佛，正相關的基因多少讲坎，負相關的基因多少，差異有多大（猜測：可能是并不是同一批樣品御蒲，會有數據不嚴謹的問題）

3. 組學聚類分析衣赶，差異分析，功能分析厚满，細胞比例分析府瞄，以及病理片子分析，并做了一些基因的驗證∽窆荩總體上是偏數據描述鲸郊。

4. 組學圖還是挺好看的，值得學習货邓。

原文來源：

Brouwer, N.P., . (2023), Transcriptomics and proteomics reveal distinct biology for lymph node metastases and tumour deposits in colorectal cancer. J. Pathol.. https://doi.org/10.1002/path.6196

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