導讀：
棒棒糖圖展示GO富集分析結果阎姥。每個GO術語用一根豎線表示，豎線的高度為-log10(p)拨扶，表示統(tǒng)計顯著性凳鬓。圓圈中的數(shù)字表示注釋到特定GO術語的差異表達基因的個數(shù)。圓圈的顏色表示GO的3個類別：BP患民，CC缩举，MF。
GO本體論簡介
基因本體論（Gene Ontology匹颤，簡稱GO）是一個旨在提供標準化的基因和基因產(chǎn)物特性描述的生物信息學工具仅孩。目的是促進不同物種間基因功能的比較和數(shù)據(jù)共享。GO將基因和基因產(chǎn)物的特性分為三大類：
? ? ? 1.細胞組分（Cellular? ?Component）：描述基因產(chǎn)物在細胞內的位置印蓖，如線粒體辽慕、核糖體等
? ? ? 2.分子功能（Molecular? ? Function）：描述單個或多個基因產(chǎn)物在分子水平上的活動，例如催化或結合活性
? ? ? 3.生物過程（Biological?Process）：描述由多個分子功能有序組合產(chǎn)生的系列事件赦肃，如DNA修復或信號轉導
基因本體論是一個動態(tài)發(fā)展的溅蛉、多維度描述生物學特性的系統(tǒng)公浪，它極大地促進了生物信息學研究和基因功能注釋的標準化和共享。
GO富集分析
GO富集分析是一種生物信息學方法船侧，用于確定在一組特定基因中欠气，哪些GO條目顯著富集。通過GO富集分析镜撩，研究者可以識別出在特定生物學狀態(tài)或條件下预柒，哪些生物過程、細胞組分袁梗、分子功能被顯著調控或改變宜鸯。GO富集分析是功能基因組學研究中的一個重要工具，廣泛應用于轉錄組學围段、蛋白質組學和其他組學研究中顾翼。
1，打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_vertical_lollipop_chart_065
2奈泪，示例數(shù)據(jù)
點擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)适贸，下載，并使用excel打開涝桅。
示例數(shù)據(jù)包括4列：
第1列： GO term拜姿，X軸
第2列：-log10轉換的pvalue，豎線的高度冯遂，Y軸
第3列：基因數(shù)蕊肥。此列可以與第2列一樣，也可以不一樣
第4列（可選）：分組蛤肌。若僅有一組數(shù)據(jù)壁却，比如僅展示BP結果，可以不帶這一列裸准。若有多組展东，可以添加此列以使用不同的顏色區(qū)分不同的類別。
3炒俱，輸入檢查
Ctrl+A選中示例數(shù)據(jù)盐肃，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼到輸入框权悟。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進行檢查砸王。若檢查不通過，請根據(jù)檢查提示重復【修改-輸入檢查】步驟峦阁，直到檢查通過（如下圖所示）谦铃，然后可以繼續(xù)往下進行。
注：輸入檢查是新加功能榔昔，它會根據(jù)不同模塊的輸入要求荷辕，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)凿跳，并給出提示件豌，確保數(shù)據(jù)符合模塊要求疮方。
4，參數(shù)選擇
圖片大小：圖片寬度茧彤，圖片高度
文字大小骡显，文字：包括GO term名字及刻度字體大小及文字旋轉角度，X軸和Y軸說明字體大小曾掂，標注基因數(shù)字體大小惫谤，圖例字體大小
線及marker點顏色：設置了豎線的寬度，顏色珠洗，線型溜歪；marker點的大小，顏色许蓖，標注文字的位置和文字顏色蝴猪；
Marker形狀：正方形，圓形膊爪，三角形等
字體：Times New Roman和Arial字體
5自阱，提交出圖
檢查通過，并且參數(shù)選好后米酬，點擊“提交”按鈕沛豌，約3s后，會在頁面上呈現(xiàn)富集結果棒棒圖預覽赃额。我們提供了pdf加派，svg兩種矢量圖，png跳芳，tiff兩種標量圖供大家下載使用芍锦。其中矢量圖可以使用acrobat illustrator進行編輯、組圖等筛严。
繪圖技巧：
1醉旦，組內數(shù)據(jù)，先排序后繪圖桨啃，更美觀
2车胡，若個別GO term太長，可以進行縮寫展示照瘾，例如cellular
response to vascular endothelial growth factor stimulus可以縮寫為cellular response to VEGF stimulus
參考文獻：
Transcriptome,
Spliceosome and Editome Expression Patterns of the Porcine Endometrium in
Response to a Single Subclinical Dose of Salmonella Enteritidis
Lipopolysaccharide. Fig 3.
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