給大家安利一款軟件FORGE2，全稱 Functional element Overlap analysis of the Results of GWAS Experiments version 2逊脯。簡單來說磷脯，就是通過對 GWAS 信號位點和基因組功能調(diào)控元件進行富集雁竞，找到 GWAS 特異的細胞類型。
該工具提供了網(wǎng)頁版和命令行版。
一爹脾、網(wǎng)頁版
網(wǎng)頁版 (網(wǎng)址：https://forge2.altiusinstitute.org/) 的比較簡單舶担，只需要輸入RS號即可坡疼。
得到以下結(jié)果：
- 以 DHS 的分析為例，會返回以下三張圖表：
SNPs analyzed across samples for erc2?DHS
DMPs in DNase I sites (probably TF sites) in cell lines for erc2-DHS
Interactive table
二衣陶、命令行版
1柄瑰、首先下載、解壓 FORGE2
wget https://github.com/charlesbreeze/FORGE2/archive/refs/heads/forge2.v1.0.zip
unzip forge2.v1.0.zip
2祖搓、隨后安裝 perl 以及 perl 需要的依賴包
conda create -n perl #創(chuàng)建perl環(huán)境狱意；
conda activate perl #激活perl環(huán)境；
conda install -c conda-forge perl #安裝perl拯欧；
conda install -c bioconda perl-dbd-sqlite #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-sort-naturally #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-storable #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-getopt-long #安裝perl模塊
conda install -c dan_blanchard perl-config-inifiles #安裝perl模塊
perl -MCPAN -e 'install Config::IniFiles' #安裝perl模塊
conda install -c bioconda perl-data-uuid #安裝perl模塊
perl -MCPAN -e 'install Statistics::Multtest' #安裝perl模塊
3详囤、安裝 R 需要的依賴包
require(devtools)
install_github('ramnathv/rCharts')
install.packages("rjson")
4、下載分析所需要的數(shù)據(jù) forge_2.0.db
下載地址：https://forge2.altiusinstitute.org/files/forge_2.0.db
下載后把forge_2.0.db放在文件夾FORGE2-forge2.v1.0/bin下面。
完成以上依賴包的安裝后藏姐，就可以開始進行富集分析啦隆箩。
5、富集分析
富集分析需要的輸入文件比較簡單羔杨，只需要一個輸入文件捌臊，在這里命名為file（與網(wǎng)頁版的輸入一樣）：
準備好輸入文件后，輸入如下命令：
eforge.pl -f file -label cwy -dada erc2-DHS
-f 表示輸入的文件名兜材；
-label 表示圖標題名;
-data 表示分析的數(shù)據(jù)類型理澎；ENCODE ('encode'), unconsolidated Roadmap Epigenomics data ('erc'), consolidated Roadmap Epigenomics DNase-seq data ('erc2-DHS'), BLUEPRINT data ('blueprint'), Roadmap Epigenomics histone mark data for 'erc2-H3K4me1', 'erc2-H3K9me3', 'erc2-H3K4me3', 'erc2-H3K36me3', or 'erc2-H3K27me3'. FORGE2 also supports analysis across all histone marks ('erc2-H3-all'), and all chromatin states ('erc2-chromatin15state-all')
注意事項： file 文件必須在 bin 路徑下運行
6、可能出現(xiàn)的報錯
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json
解決方法： 在終端下 vi ~/.condarc曙寡，隨后刪除-defaults一行
致謝橙子牛奶糖（陳文燕）糠爬，請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感謝小可愛們多年來的陪伴， 我與你們一起成長~
