大片段載體的分段構建

我們在構建一些大的基因片段時艘狭,由于基因片段過大挎扰,會導致單純做PCR擴增時沒法擴增出全長來。因此需要對基因做分段巢音,PCR處理遵倦,這種情況有兩種常用方法,一種是純PCR官撼,另一種是分段PCR后連接梧躺。在這里主要介紹分段+酶切的方法。

一.分段PCR+酶切法

原理:酶切位點1-A片段-酶切位點2-B片段-酶切位點3-C片段-酶切位點4傲绣。

其中掠哥,“A片段-酶切位點2-B片段-酶切位點3-C片段”這一段是目的序列,

酶切位點1--酶切位點4是為了能和bacbone相連秃诵,而引入的兩個粘性末端续搀。

優(yōu)點:可操作性強

缺點:目的基因上的酶切位點必須與載體上的酶切位點的順序一致,不是所有的基因都適用

下面是具體操作

1.查看目的基因(insert)上已有的酶切位點

這里以答主做的AFAP1-AS1基因為例(主要是一開始直接PCR菠净,沒擴出來禁舷,郁悶)彪杉,用的軟件是snapgene,具體軟件的操作可另外搜尋牵咙。

AFAP1-AS1基因上的酶切位點

2.查看所用載體(backbone)的酶切位點

這里使用慢病毒載體plvx-puro

載體plvx-puro上的酶切位點

3.對兩者的位點做比對

需要注意順序派近,骨架上的酶切位點順序要和目的基因上酶切位點的順序一致!!!

這里按照載體backbone上的酶切位點順序進行比對。

XhoI:無

BstBl:無

EcoRI:在insert的881bp處

Apal:在insert的91bp處

BamHI:在insert的6658bp處

XbaI:無

在這次比對中洁桌,Apal這個位點的順序不對渴丸,因此不做考慮

因此战坤,理論上來說曙强,可以分成(XhoI或BstBl)1-881(EcoRI)882-6658(BamHI)6657-6810(XbaI)。但是其中的最長片段依然達到了6kb左右途茫,做直接擴增那一片段依然有困難碟嘴,因此不做考慮。

最后編輯于
?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末囊卜,一起剝皮案震驚了整個濱河市娜扇,隨后出現(xiàn)的幾起案子,更是在濱河造成了極大的恐慌栅组,老刑警劉巖雀瓢,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,126評論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件,死亡現(xiàn)場離奇詭異玉掸,居然都是意外死亡刃麸,警方通過查閱死者的電腦和手機,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,254評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門司浪,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來泊业,“玉大人,你說我怎么就攤上這事啊易∮跛牛” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,445評論 0 341
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵租谈,是天一觀的道長篮奄。 經(jīng)常有香客問我,道長割去,這世上最難降的妖魔是什么窟却? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,185評論 1 278
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮劫拗,結果婚禮上间校,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己页慷,他們只是感情好憔足,可當我...
    茶點故事閱讀 64,178評論 5 371
  • 文/花漫 我一把揭開白布。 她就那樣靜靜地躺著酒繁,像睡著了一般滓彰。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上州袒,一...
    開封第一講書人閱讀 48,970評論 1 284
  • 那天揭绑,我揣著相機與錄音,去河邊找鬼郎哭。 笑死他匪,一個胖子當著我的面吹牛,可吹牛的內容都是我干的夸研。 我是一名探鬼主播邦蜜,決...
    沈念sama閱讀 38,276評論 3 399
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼亥至!你這毒婦竟也來了悼沈?” 一聲冷哼從身側響起,我...
    開封第一講書人閱讀 36,927評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤姐扮,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎絮供,沒想到半個月后,有當?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體茶敏,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,400評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡壤靶,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,883評論 2 323
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了惊搏。 大學時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片贮乳。...
    茶點故事閱讀 37,997評論 1 333
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖胀屿,靈堂內的尸體忽然破棺而出塘揣,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤宿崭,帶...
    沈念sama閱讀 33,646評論 4 322
  • 正文 年R本政府宣布亲铡,位于F島的核電站,受9級特大地震影響葡兑,放射性物質發(fā)生泄漏奖蔓。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,213評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一讹堤、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望吆鹤。 院中可真熱鬧,春花似錦洲守、人聲如沸疑务。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,204評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽知允。三九已至撒蟀,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間温鸽,已是汗流浹背保屯。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,423評論 1 260
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留涤垫,地道東北人姑尺。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,423評論 2 352
  • 正文 我出身青樓,卻偏偏與公主長得像蝠猬,于是被迫代替她去往敵國和親切蟋。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子,可洞房花燭夜當晚...
    茶點故事閱讀 42,722評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內容

  • 本文以白細胞介素6為例吱雏,介紹基因工程重組質粒構建的一般步驟敦姻。 1.準備 本文使用到的兩個軟件為Vector-NTI...
    WhaleRight閱讀 36,049評論 6 56
  • 本文將介紹骨架載體+目的基因序列合成方法 在合成之前,應該先確定骨架載體backbone+基因序列歧杏。其中镰惦,骨架載體...
    種葫蘆娃的小爺閱讀 9,576評論 0 10
  • 希望可以認識志同道合的學習和研究的小伙伴。有一個最近日更的公眾號(疫情期間在家更新很勤犬绒,以后開學了大概2-3天更新...
    番茄隨筆閱讀 1,176評論 0 6
  • 特殊用途載體 載體(Vectors)DNA:1)獨立的一個包括啟動子(promoter)旺入、編碼區(qū)(encoding...
    littlelater閱讀 3,744評論 0 8
  • 設計引物 引物長度一般在15~30 bp,最常用的是18~27bp凯力; 引物GC含量在40%~60%之間茵瘾,Tm值最好...
    依紫涵閱讀 5,985評論 0 10