我們在構建一些大的基因片段時艘狭,由于基因片段過大挎扰,會導致單純做PCR擴增時沒法擴增出全長來。因此需要對基因做分段巢音,PCR處理遵倦,這種情況有兩種常用方法,一種是純PCR官撼,另一種是分段PCR后連接梧躺。在這里主要介紹分段+酶切的方法。
一.分段PCR+酶切法
原理:酶切位點1-A片段-酶切位點2-B片段-酶切位點3-C片段-酶切位點4傲绣。
其中掠哥,“A片段-酶切位點2-B片段-酶切位點3-C片段”這一段是目的序列,
酶切位點1-和-酶切位點4是為了能和bacbone相連秃诵,而引入的兩個粘性末端续搀。
優(yōu)點:可操作性強
缺點:目的基因上的酶切位點必須與載體上的酶切位點的順序一致,不是所有的基因都適用
下面是具體操作
1.查看目的基因(insert)上已有的酶切位點
這里以答主做的AFAP1-AS1基因為例(主要是一開始直接PCR菠净,沒擴出來禁舷,郁悶)彪杉,用的軟件是snapgene,具體軟件的操作可另外搜尋牵咙。
2.查看所用載體(backbone)的酶切位點
這里使用慢病毒載體plvx-puro
3.對兩者的位點做比對
需要注意順序派近,骨架上的酶切位點順序要和目的基因上酶切位點的順序一致!!!
這里按照載體backbone上的酶切位點順序進行比對。
XhoI:無
BstBl:無
EcoRI:在insert的881bp處
Apal:在insert的91bp處
BamHI:在insert的6658bp處
XbaI:無
在這次比對中洁桌,Apal這個位點的順序不對渴丸,因此不做考慮。
因此战坤,理論上來說曙强,可以分成(XhoI或BstBl)1-881(EcoRI)882-6658(BamHI)6657-6810(XbaI)。但是其中的最長片段依然達到了6kb左右途茫,做直接擴增那一片段依然有困難碟嘴,因此不做考慮。