做了多個(gè)組學(xué)的數(shù)據(jù)，該怎么分析呢抗俄？

本文章題目：單細(xì)胞RNA測(cè)序輔助多組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)肝內(nèi)膽管癌分子亞群

數(shù)據(jù)：（1）110個(gè)（分析）+ 41個(gè)（驗(yàn)證集）患者的ICC組織蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)（TMT標(biāo)記定量）奖唯；

（2）78個(gè)樣本的全外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)署穗；

（3）3個(gè)慢性炎癥亞類型中的腫瘤組織單細(xì)胞測(cè)序芯义。

（備注：蛋白組和單細(xì)胞都沒(méi)有癌旁組織，所以無(wú)法做癌與癌旁的差異分析）

結(jié)果分析

1.蛋白質(zhì)組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)人類ICC的三種分子亞型

來(lái)自110名患者的ICC組織進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析早龟，缺失值小于10%的樣品中檢測(cè)到6311種蛋白質(zhì)（圖A惫霸，概括鑒定蛋白數(shù)量）猫缭。

基于6311種蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)組矩陣，ICC隊(duì)列被分為三個(gè)不同的簇（C1壹店、C2和C3）（圖B猜丹，因?yàn)闆](méi)有癌旁，只能對(duì)腫瘤組織進(jìn)行分群分析）硅卢。三種分子亞型之間的所有比較中射窒，共鑒定出85種蛋白質(zhì)差異表達(dá)（圖C，亞型內(nèi)部做差異分析）32種蛋白質(zhì)在亞型1中上調(diào)将塑，24種蛋白質(zhì)在子型2中上調(diào)脉顿，29種蛋白質(zhì)在分型3中上調(diào)

三組蛋白質(zhì)進(jìn)行了GO分析，基于GO分析的結(jié)果点寥，我們將三種分子亞型注釋為“慢性炎癥”（亞型1）艾疟、“代謝”（亞類型2）和“染色質(zhì)重塑”（亞類3；圖B和C敢辩，定義亞型的功能）蔽莱。基因集變異分析（GSVA）和ssGSEA分?jǐn)?shù)也說(shuō)明了這種定義（圖E和F）戚长。

三亞型ICC患者的生存率顯著不同（圖H盗冷，做生存曲線，說(shuō)明不同亞型惡性程度不同同廉，應(yīng)區(qū)別對(duì)待）

（思考：蛋白無(wú)癌旁分析：分亞群->亞群差異分析->定義功能->生存分析）

2.基因組分析ICC亞型

ARID1A正塌、KRAS、PBRM1恤溶、BRCA2、CREBBP帜羊、TP53咒程、KMT2D、ATM和ATRX是ICC腫瘤組織中最常見(jiàn)的突變基因（圖B讼育，找出高頻突變）帐姻。

RTK-RAS是ICC中變化最顯著的途徑，Kaplan–Meier曲線和單變量Cox回歸表明OS與KRAS突變或RTK-RAS途徑改變之間的相關(guān)性不顯著（對(duì)高頻突變及通路進(jìn)行生存分析）

隨機(jī)森林的機(jī)器學(xué)習(xí)方法來(lái)識(shí)別每個(gè)分子亞型中的關(guān)鍵基因突變奶段，在慢性炎癥和代謝亞型中都發(fā)現(xiàn)了KMT2D突變饥瓷，所有已鑒定的突變中，只有KMT2D的突變與ICC患者更好的預(yù)后顯著相關(guān)（圖F痹籍，鑒定亞型關(guān)鍵突變）呢铆。代謝亞型中也發(fā)現(xiàn)了顯著高比例的KMT2D突變（圖G），KMT2Dmut組織具有更高的代謝ssGSEA評(píng)分和更低的炎癥ssGSEA得分（圖H和I蹲缠，必須要找到一個(gè)突變進(jìn)行討論）棺克。

（思考：此處做了全外顯子測(cè)序悠垛，鑒定高頻突變，探討每個(gè)亞型的獨(dú)有突變娜谊，希望找出蛋白與突變的分型一致性确买，發(fā)現(xiàn)結(jié)果不盡人意，討論了一個(gè)KMT2D突變）纱皆。

3.人ICC三種分子亞型的免疫景觀（免疫細(xì)胞分布）

使用ssGSEA方法評(píng)估21個(gè)免疫細(xì)胞的組成比例（圖A：免疫浸潤(rùn)分析）湾趾，在慢性炎癥亞型中發(fā)現(xiàn)大量巨噬細(xì)胞（圖B，C,D）派草，在KMT2DWT組的患者中發(fā)現(xiàn)的巨噬細(xì)胞比在KMT2Dmut組中發(fā)現(xiàn)的多（圖E）搀缠。

（思考：試圖從免疫浸潤(rùn)角度尋找3個(gè)亞型的不同）

4.慢性炎癥亞類型中的腫瘤組織進(jìn)行了scRNA-seq（單細(xì)胞測(cè)序，討論該亞型）

在ICC腫瘤微環(huán)境中共鑒定出10種細(xì)胞類型澳眷，包括惡性細(xì)胞胡嘿、成纖維細(xì)胞、內(nèi)皮細(xì)胞和各種免疫細(xì)胞（TME钳踊；A）衷敌，巨噬細(xì)胞進(jìn)一步分裂為兩個(gè)簇：1型和2型（圖B，分亞型）拓瞪。

使用GSVA方法計(jì)算兩種TAMs亞型的炎癥反應(yīng)評(píng)分缴罗。2型TAM顯示出比1型TAM顯著更高的炎癥反應(yīng)評(píng)分（C和D）。

然后在TAM的兩個(gè)亞組之間進(jìn)行差異表達(dá)基因（DEG）分析祭埂。APOE面氓、LIPA、CTSD蛆橡、C1QB和其他幾個(gè)基因在2型TAMs中顯著上調(diào)（E）舌界。

使用2型TAMs中上調(diào)的基因進(jìn)行GO分析，我們發(fā)現(xiàn)炎癥反應(yīng)的正調(diào)控和免疫系統(tǒng)的負(fù)調(diào)控富集泰演，表明2型巨噬細(xì)胞可能參與調(diào)節(jié)ICC的炎癥反應(yīng)（F）呻拌。

APOE/CD68和C1QB/CD68的共表達(dá)驗(yàn)證了APOE和C1QB在2型TAMs中的共表達(dá)（圖G–I）。在慢性炎癥亞型中發(fā)現(xiàn)的APOE+TAMs數(shù)量高于其他兩種亞型（J和K）睦焕。

具有野生型KMT2D的組織比具有KMT2D突變的組織表現(xiàn)出更多數(shù)量的APOE+TAM（L和M）

（思考：找了3個(gè)樣品做單細(xì)胞測(cè)序藐握，看細(xì)胞的具體比例，基因表達(dá)等垃喊，說(shuō)明前面免疫浸潤(rùn)分析的有效性猾普，單細(xì)胞測(cè)序能直接看出細(xì)胞亞群，內(nèi)部基因表達(dá)本谜，富集通路）

5.細(xì)胞和動(dòng)物模型驗(yàn)證APOE+C1QB+TAMs的重要性初家。

此章節(jié)為機(jī)制實(shí)驗(yàn)，此處不做討論。

全文思考：?

（1）作者一定是想收集一批標(biāo)本做多組學(xué)笤成，因?yàn)橹挥惺灅?biāo)本评架，發(fā)現(xiàn)常規(guī)轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)做不了，蛋白實(shí)驗(yàn)面前可以做炕泳，全外顯子實(shí)驗(yàn)可以做纵诞。

（2）因?yàn)闆](méi)有癌旁，所以討論亞群分布培遵，不同亞群的特征浙芙，不去討論腫瘤的發(fā)生發(fā)展問(wèn)題。

（3）測(cè)了3個(gè)樣品的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組籽腕，驗(yàn)證了前面蛋白組的發(fā)現(xiàn)嗡呼，后期做了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

文獻(xiàn)來(lái)源：

Xuanwen Bao, .Molecular Subgroups of Intrahepatic Cholangiocarcinoma Discovered by Single-Cell RNA Sequencing–Assisted Multiomics Analysis.?Cancer Immunol Res?1 July 2022; 10 (7): 811–828. https://doi.org/10.1158/2326-6066.CIR-21-1101

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