DepMap（Cancer Dependency Map project）
目的
繪制所有腫瘤的癌癥易感性圖譜。為了加速精準(zhǔn)癌癥醫(yī)學(xué)的發(fā)展肩袍，我們使用代表人類癌癥多樣性的廣泛癌癥模型構(gòu)建了系統(tǒng)的關(guān)鍵數(shù)據(jù)集杭棵、分析和可視化工具。
方法
捕獲人類癌癥的遺傳和分子多樣性
為了保證人類癌癥的多樣性魂爪，DepMap 建立在最初的 Cancer Cell Line Encyclopedia（CCLE）項(xiàng)目的基礎(chǔ)上，該項(xiàng)目對(duì) 1000 個(gè)細(xì)胞系模型進(jìn)行了表征艰管。迄今為止滓侍，已經(jīng)收集了超過 2000 個(gè)模型牲芋。
模擬人類癌癥需要使用各種模型撩笆。在 DepMap 的下一階段，我們將整合非傳統(tǒng)模型浇衬，以更全面地捕獲不同癌癥類型特有的癌癥脆弱性懒构。
DepMap 致力于代表所有腫瘤類型，包括罕見癌癥耘擂、兒科癌癥和代表性不足的人群中的癌癥模型。如果您想貢獻(xiàn)模型并幫助擴(kuò)展 DepMap醉冤，請(qǐng)通過 DepMap@Broadinstitute.org 與我們聯(lián)系秩霍。
識(shí)別癌細(xì)胞中的遺傳和分子改變
隨著癌細(xì)胞的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移，可能會(huì)發(fā)生多種基因組和分子改變蚁阳，導(dǎo)致治療上的不利因素增加。
為了捕獲這些改變螺捐，我們系統(tǒng)地分析了 1000 個(gè)細(xì)胞系的panel（CCLE 項(xiàng)目的一部分）颠悬。
在 DepMap 的下一階段，我們將擴(kuò)展這些數(shù)據(jù)集并創(chuàng)建關(guān)鍵數(shù)據(jù)集定血，以更全面地捕獲基因組改變。此外澜沟，我們將構(gòu)建新的組學(xué)流程灾票，并創(chuàng)建新的相關(guān)特征，以支持新靶點(diǎn)和生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)刊苍。
列舉細(xì)胞生長(zhǎng)和藥物敏感性所需的所有基因
在 DepMap 中，我們使用大規(guī)模功能基因組分析來識(shí)別細(xì)胞生長(zhǎng)所需的基因濒析。迄今為止正什，我們已經(jīng)在 1000 多種癌細(xì)胞系中進(jìn)行了全基因組 RNAi 和 CRISPR 功能喪失篩選。
同時(shí)埠忘，我們正在采用多路復(fù)用方法（PRISM）來分析數(shù)百種細(xì)胞模型的藥物敏感性。在對(duì)藥物重新利用文庫進(jìn)行分析后馒索，我們繼續(xù)分析新的感興趣的化合物莹妒，以創(chuàng)建迄今為止最大的腫瘤學(xué)參考數(shù)據(jù)集绰上。
在我們的活動(dòng)的核心旨怠，我們正在構(gòu)建新的分析工具來更好地捕獲這些遺傳依賴性和藥物敏感性蜈块。諸如 demETER鉴腻、demETER2、CERES 和 CHRONOS 等方法幫助我們更好地模擬了癌癥依賴性和藥物敏感性爽哎。
我們正在擴(kuò)展到包括新的篩選模式蜓席、新的擾動(dòng)和非傳統(tǒng)模型，以更全面地捕獲基因依賴性和藥物敏感性课锌。
創(chuàng)建癌癥易感性地圖
我們正在構(gòu)建數(shù)據(jù)集之間的連接，以識(shí)別遺傳依賴性渺贤、藥物敏感性和細(xì)胞特征之間的關(guān)系雏胃。通過將基因依賴性和藥物敏感性與癌癥遺傳和分子特征聯(lián)系起來，我們可以發(fā)現(xiàn)新的癌癥易感性志鞍，確定反應(yīng)的生物標(biāo)志物，并深入了解作用機(jī)制固棚。
我們將繼續(xù)開發(fā)更多的工具來改進(jìn)和解釋預(yù)測(cè)模型统翩，尋找新的方法來整合數(shù)據(jù)并創(chuàng)建更好的應(yīng)用程序來支持靶點(diǎn)和生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)。
使用
可以用來揭示遺傳和藥理依賴性
BRCA1基因的所有搜索結(jié)果
其中Depedent Cell Lines和Enriched Lineages部分內(nèi)容可以在Perturbation Effects tab頁面查看細(xì)節(jié)玻孟，Gene Effect越靠近-1（所有pan-cancer細(xì)胞系的essential gene的中值），說明細(xì)胞系對(duì)這個(gè)基因的依賴性越強(qiáng)黍翎，大于0，說明這個(gè)基因不是細(xì)胞系的essential gene艳丛。
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