pyscenic在通過loom文件讀入單細(xì)胞數(shù)據(jù)運(yùn)行，最后會(huì)生成所有的文件艰额，包括最后一步AUCell的結(jié)果肪凛，但是實(shí)際提取時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)regulon信息的缺失，The attribute 'Regulons' is not available in this loom file. The loom doesn't contain regulon information巷嚣，如下：
auc.loom中regulon缺失
重新查看log文件，會(huì)發(fā)現(xiàn)運(yùn)行過程中出現(xiàn)了報(bào)錯(cuò)钳吟，AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'split'廷粒，可能loom文件和pyscenic版本之間一些不匹配導(dǎo)致的。
解決辦法:
手動(dòng)把/path/to/loompy/utils.py （見報(bào)錯(cuò)的log文件就可以知道這個(gè)文件在哪）第27行改成如下形式红且，然后重新跑一遍第三步AUCell的計(jì)算就可以搞定坝茎。
vf = int("".join(get_loom_spec_version(f)[0].split(".")))
