單細(xì)胞核測(cè)序技術(shù)
在有些情況下奢啥，細(xì)胞是很難完整分離的诀黍，比如長(zhǎng)期保存的組織，或者大腦細(xì)胞和脂肪細(xì)胞未巫。在分離細(xì)胞時(shí)所用的酶和破壞力往往會(huì)影響其他細(xì)胞區(qū)室的內(nèi)容窿撬。此時(shí)，單核RNA測(cè)序就顯得特別重要叙凡。
細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組是否代表了整個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組劈伴，以及在snRNA-seq中發(fā)現(xiàn)的基因是否或多或少與特定研究相關(guān)。一些比較單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）和單核RNA測(cè)序的研究表明握爷，轉(zhuǎn)錄本在整個(gè)細(xì)胞和細(xì)胞核中的表達(dá)程度相當(dāng)跛璧。
單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）技術(shù)的飛速發(fā)展使人們對(duì)組織中細(xì)胞種類(lèi)、細(xì)胞的特殊狀態(tài)有了深入認(rèn)識(shí)新啼。但是追城，scRNA-seq對(duì)于器官或者固體組織制備的細(xì)胞懸液的細(xì)胞活性和細(xì)胞數(shù)目有著較高的要求，這也意味著 “躺在”超低溫冰箱中的大量珍貴臨床樣本（腦組織燥撞，腫瘤組織等）都無(wú)法進(jìn)行scRNA測(cè)序座柱。而單細(xì)胞核RNA測(cè)序技術(shù)（snRNA-seq）的出現(xiàn)，則在很大程度上解決了以上問(wèn)題物舒。
雖然細(xì)胞核內(nèi)的遺傳物質(zhì)可以大體代表整個(gè)細(xì)胞色洞，然而，細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核之間的RNA類(lèi)型和比例卻存在一定的差異冠胯。RNA首先在細(xì)胞核內(nèi)轉(zhuǎn)錄火诸，并在細(xì)胞核內(nèi)積累到穩(wěn)定狀態(tài)。在細(xì)胞質(zhì)中荠察， mRNA根據(jù)其出核率和不同的命運(yùn)置蜀，包括轉(zhuǎn)運(yùn)到特定的亞細(xì)胞位置、核糖體的翻譯悉盆、小RNA的降解等盯荤，達(dá)到不同的穩(wěn)態(tài)水平。研究人員發(fā)現(xiàn)焕盟，細(xì)胞核RNA中含有大量的非編碼序列廷雅，其中包含41%的基因間區(qū)序列和25%的內(nèi)含子序列。同時(shí)京髓，研究人員也發(fā)現(xiàn)有41.7%的轉(zhuǎn)錄本序列只在細(xì)胞核中存在。多項(xiàng)研究表明商架，將內(nèi)含子區(qū)域的reads增加了snRNA-seq的敏感性堰怨，并提高識(shí)別細(xì)胞類(lèi)型的分辨率。因此蛇摸，在處理單細(xì)胞核RNA測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)备图，納入內(nèi)含子序列具有重要意義。下面，就讓我們?cè)敿?xì)了解一下針對(duì)不同組織樣本進(jìn)行snRNA-seq的部分案例與要點(diǎn)揽涮。
單細(xì)胞核測(cè)序技術(shù)在樣本適用性上較單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)更有優(yōu)勢(shì)抠藕，它不局限于新鮮的組織樣本，適用于冰凍樣本蒋困。此外盾似，單細(xì)胞核的制備相對(duì)于單細(xì)胞懸液的制備要更簡(jiǎn)單，可以盡量減少酶解雪标，機(jī)械壓力誘導(dǎo)的假的細(xì)胞類(lèi)群的產(chǎn)生零院。在數(shù)據(jù)分析方面，單細(xì)胞核RNA測(cè)序可以獲得內(nèi)含子區(qū)村刨、基因間區(qū)的數(shù)據(jù)告抄，使細(xì)胞類(lèi)型的鑒定分辨率更高，獲得的基因信息相對(duì)更加豐富嵌牺。
很多老師想要研究某些特殊樣本打洼，例如心肌細(xì)胞和神經(jīng)元；也有很多老師手上有頗為珍貴的臨床凍存樣本逆粹，但是受限于單細(xì)胞測(cè)序?qū)τ跇颖镜膰?yán)格要求——細(xì)胞數(shù)量要求大于105個(gè)募疮、活細(xì)胞數(shù)在90%以上、細(xì)胞直徑小于40μm等枯饿，只能望“單”而嘆酝锅！
同時(shí)，受限于樣本解離過(guò)程奢方，單細(xì)胞測(cè)序存在三大問(wèn)題
- 僅適用于新鮮組織樣本搔扁，對(duì)于凍存樣本，由于細(xì)胞已經(jīng)喪失活性蟋字，因此無(wú)法開(kāi)展scRNA-seq稿蹲。
- 解離過(guò)程會(huì)誘導(dǎo)應(yīng)激基因的表達(dá)，引起細(xì)胞轉(zhuǎn)錄模式發(fā)生“人為改變”（artifactual transcriptional stress responses）鹊奖，造成轉(zhuǎn)錄偏好（bias）苛聘。這樣獲得的數(shù)據(jù)無(wú)法真實(shí)的反應(yīng)樣本的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)，結(jié)果的可靠性大大降低忠聚。
- 對(duì)于很多實(shí)體組織设哗，如腦、心臟两蟀、腎臟等网梢，蛋白酶傾向于將易于解離的細(xì)胞類(lèi)型解離下來(lái)，因此會(huì)丟失不易解離的細(xì)胞赂毯；同時(shí)一些較為敏感的細(xì)胞可能會(huì)因?yàn)榻怆x過(guò)度而破碎战虏。這樣拣宰，解離過(guò)程無(wú)法有效的獲取到組織中的所有細(xì)胞類(lèi)型，結(jié)果的準(zhǔn)確性大為降低烦感。
由于上述問(wèn)題巡社，單細(xì)胞核測(cè)序（snRNA-seq）逐漸受到人們重視！
單細(xì)胞測(cè)序的科研人員都會(huì)遇到以下這樣的問(wèn)題：
單細(xì)胞RNA測(cè)序不能準(zhǔn)確地捕獲組織中所有細(xì)胞類(lèi)型（比如腎臟手趣，腦）晌该，因?yàn)閱渭?xì)胞解離本身可能損害敏感細(xì)胞。
目前用于單細(xì)胞解離的酶和機(jī)械方法會(huì)引入了因裂解壓力誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物回懦。
活性蛋白酶傾向于選擇易解離的細(xì)胞類(lèi)型气笙。不易解離的細(xì)胞可能會(huì)被丟失。
目前的方法與冷凍樣本材料不兼容（冷凍樣本不能用于單細(xì)胞測(cè)序）怯晕，但是有的時(shí)候潜圃，臨床所取的樣本需要等待病理診斷后才能去做單細(xì)胞測(cè)序（比如腎臟活檢樣本），因此為了保證樣本的RNA穩(wěn)定性舟茶，需要進(jìn)行凍存谭期。
REF
https://www.bilibili.com/video/BV1wf4y1X7eq?from=search&seid=15081398626874780059
http://www.ebiotrade.com/newsf/2019-12/2019129172619642.htm
https://www.seqchina.cn/12456.html
https://www.bilibili.com/read/cv7707622
單細(xì)胞核測(cè)序技術(shù) - emanlee - 博客園 https://www.cnblogs.com/emanlee/p/14953979.html
