前段時間畢業(yè)論文盲審,有一位盲審老師提的意見:到EnhancerDB網站看一下SNP上是否有增強子瓶您、如果有的話再看一下所在的增強子調控的靶基因是否為感興趣的基因(真優(yōu)秀麻捻,就喜歡這種直接提供干貨的老師)。
于是我搜了一下EnhancerDB呀袱,看到底干嘛用的贸毕。
EnhancerDB全稱是A web database to discover the regulate relationships in the context of enhancers。
網址:http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB/
看名字就知道這個數據庫與增強子有關夜赵,簡單來說明棍,就是增強子的各種調控關系都能在這個數據庫中找到。
該數據總共分為五大模塊:Enhancer寇僧、TFBS摊腋、microRNA、Gene嘁傀、SNP
1兴蒸、Enhancer模塊
這個模塊可以查看某個基因片段是否有enhancer、 enhancer可能被哪些轉錄因子調控细办、enhancer上有哪些SNP位點橙凳、enhancer調控哪些基因、enhancer調控了哪些miRNA
1.1 查看某個基因片段是否有enhancer
1.2 enhancer可能被哪些轉錄因子調控
1.3 enhancer上有哪些SNP位點
1.4 enhancer調控哪些基因
1.5 enhancer調控了哪些miRNA
2笑撞、TFBS模塊
這個模塊可以查看給定的基因組上是否有轉錄因子結合岛啸、轉錄因子上有哪些SNP、轉錄因子調控了哪些enhancer茴肥、轉錄因子調控了哪些基因等值戳。
2.1 給定的基因組上是否有轉錄因子結合
2.2 轉錄因子上有哪些SNP
2.3 轉錄因子調控了哪些enhancer
2.4 轉錄因子調控了哪些基因、miRNA
3炉爆、microRNA模塊
這個模塊可以查看給定的基因組上是否有miRNAs堕虹、調控miRNA的Enhancers卧晓、轉錄因子調控了哪些miRNAs等。
3.1 給定的基因組上是否有miRNAs
3.2 調控miRNA的Enhancers
3.3 轉錄因子調控了哪些miRNAs
4赴捞、Gene模塊
這個模塊可以查看調控基因的Enhancers逼裆、調控基因的轉錄因子、基因的eQTL位點等赦政。
4.1 調控基因的Enhancers
4.2 調控基因的轉錄因子
4.3 基因的eQTL位點
5胜宇、SNP模塊
這個模塊可以查看我們感興趣的SNP位點有哪些enhancer、轉錄因子恢着、以及是哪些基因的eQTL位點等桐愉。
5.1 感興趣的SNP位點有哪些enhancer
5.2 感興趣的SNP位點有哪些轉錄因子
5.3 SNP位點是哪些基因的eQTL位點
今天的介紹就到這,祝各位周二愉快掰派!