workflow
20bpwindow
環(huán)境
##Assemblytics
git clone https://github.com/MariaNattestad/Assemblytics.git
###需要Assemblytics_uniq_anchor.py
ln -s /public/home/fengting/work/6.25111/Assemblytics/scripts/* ~/miniconda3/bin
chmod 754
測試
1構建泛基因組
python /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/1Genome_construct_Pangenome.py -t 12 /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/example7/genome_gff_dir_example /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/example7/genome_list
###把主程序（.sh）numcer 中的-t 32 參數(shù)去掉
泛基因組構建結果
2 reads比對到泛基因組
python ~/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/Construct_pan_and_Call_sv.py example7/genome_gff_dir_example/ example7/genome_list -fqd example7/fq_dir_example/ -o pop
## -o 具體參數(shù)暫時不知
運行中
depth統(tǒng)計
sv結果圖
cluster
參考基因組插入?yún)^(qū)域
聚類
