作者烟零，Evil Genius
關(guān)于華大空轉(zhuǎn)的分析內(nèi)容仪际，比較少，我自己跟華大也沒啥緣分宪迟，不過華大空間作為國產(chǎn)最好的空間平臺酣衷，期待可以完善完整的服務(wù)流程。
我們先來簡單看一下華大平臺的內(nèi)容
精度為500nm
雖然是方向次泽，但是目前華大平臺還是無法做到圖像識別 + 空間分子信息處理的鸥诽。
bin的分析模式仍然是華大時空平臺的分析主流，不過缺少也很明顯箕憾，跟10X HD 8um的那種分析狀態(tài)差不多
華大平臺的一些文章，也都分享過
目前華大還無法做到圖像與分子信息的結(jié)合分析拳昌，尤其我們需要劃分區(qū)域直接提取分子信息的時候非常麻煩袭异；圖像識別結(jié)合空間分子信息目前也無法做到，不過其他方面已處于前沿炬藤，期待越來越好御铃。
今日參考文獻(xiàn)
知識積累
對外部刺激開放的器官和組織的免疫監(jiān)測對于快速有效地作出反應(yīng)以消除病原體和保護(hù)組織的完整性至關(guān)重要。
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)Stereo-seq和scRNA-seq沈矿，單細(xì)胞反卷積和共定位分析上真。
分析結(jié)果1、SARS-CoV-2感染前后倉鼠肺器官尺度免疫圖譜
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無監(jiān)督的單細(xì)胞羹膳、空間聚類
分析結(jié)果2睡互、免疫圖譜顯示的肺泡DC-T免疫中樞
- Stereo-seq數(shù)據(jù)與scRNA數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析
- 整合的Stereo-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的高空間分辨率、器官尺度視野和轉(zhuǎn)錄組范圍特征使我們能夠研究SARS-CoV-2感染前后不同細(xì)胞亞群的共定位陵像【椭椋基于網(wǎng)絡(luò)聚類分析，確定了11個細(xì)胞模塊醒颖。同一模塊內(nèi)的細(xì)胞亞群往往在空間上共定位妻怎。
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基于CellChat分析推斷共定位細(xì)胞亞群的細(xì)胞間通訊，研究DC-T免疫中樞中細(xì)胞類型與肺泡定位的ATI和巨核細(xì)胞之間的潛在相互作用泞歉。
分析結(jié)果3逼侦、肺泡DC-T免疫樞紐對SARS-CoV-2感染的反應(yīng)
- 空間共定位的細(xì)胞會增強(qiáng)細(xì)胞間的協(xié)同作用匿辩。
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空間鄰域的配受體分析解釋了細(xì)胞間鄰域的相互作用
分析結(jié)果4、肺內(nèi)Cd160+Cd8+ T細(xì)胞快速擴(kuò)增清除SARS-CoV-2感染
分析結(jié)果5榛丢、DC-T免疫中樞在感染后期的恢復(fù)
- scRNA-seq和Stereo-seq數(shù)據(jù)顯示铲球，在d14時，倉鼠肺中幾乎不存在SARS-CoV-2 rna涕滋，肺泡DC-T免疫中樞含有Ccr7+Ido1+ dc睬辐、Cd160+Cd8+ T細(xì)胞和Tnfrsf4+Cd4+ T細(xì)胞，在d14時恢復(fù)到生理水平宾肺。同樣溯饵，病理觀察顯示，免疫浸潤和肺損傷也在d14減弱锨用。
我們主要來關(guān)注一下分析方法
- 單細(xì)胞用的華大C4平臺丰刊，質(zhì)控 + scDblFinder + Seurat + CellChat 。
- 空間平臺采用bin80 spot (40 μm resolution) 增拥，采用單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的方法注釋空間（Redeconve）啄巧。
