10X空間轉(zhuǎn)錄組這項(xiàng)技術(shù)出現(xiàn)的時(shí)間也有了1年多之久蹬叭，很多分析的思路也已經(jīng)有了比較深的認(rèn)識(shí)乡摹，但是對(duì)于細(xì)胞通訊而言，無論是發(fā)表的文章缩赛，還是個(gè)人分析耙箍，都還是需要很多的探索，今天我們就來分享一下關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組做細(xì)胞通訊的個(gè)性化思路
10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)做細(xì)胞通訊分析
讓我們來回顧一下單細(xì)胞數(shù)據(jù)是如何分析細(xì)胞通訊的酥馍，當(dāng)然辩昆，能夠分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞通訊的軟件也越來越多了，我們簡(jiǎn)單回顧一下旨袒。
這是我個(gè)人的一個(gè)總結(jié)汁针，當(dāng)然，還有一些其他的分析軟件砚尽，比如celltalker等施无，但是不知道大家發(fā)現(xiàn)了沒有，軟件的思路是一樣的必孤，就是根據(jù)不同細(xì)胞群基因表達(dá)的特征猾骡，分析細(xì)胞類型之間特異的配受體對(duì)，以此來代表細(xì)胞類型之間的通訊，區(qū)別只在于算法和對(duì)結(jié)果的解讀（或者叫分類）兴想。當(dāng)然幢哨，這樣的思路在很多文獻(xiàn)里都已經(jīng)有了很好的運(yùn)用，首先我們要考慮的就是這樣的思路能否運(yùn)用到10X空間轉(zhuǎn)錄組襟企。如果要深入知道這些嘱么，必須先知道10X空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞的一個(gè)區(qū)別狮含，簡(jiǎn)單做個(gè)整理顽悼。
在這個(gè)基礎(chǔ)上几迄，我們來探討空間轉(zhuǎn)錄組做細(xì)胞通訊的思路蔚龙。
思路1、單細(xì)胞做細(xì)胞通訊的思路直接運(yùn)用到空間轉(zhuǎn)錄組映胁。
這個(gè)方法單細(xì)胞運(yùn)用最多木羹，最懶的辦法就是直接嫁接到10X空間轉(zhuǎn)錄組，但是我們這里要注意解孙，單細(xì)胞的細(xì)胞通訊是代表了不同細(xì)胞類型之間的交流（當(dāng)然是一種推斷坑填，不能完全代表事實(shí)），而我們空間的聚類弛姜，得到的分群是不同的功能區(qū)域脐瑰，以這個(gè)理解而言，那就是說廷臼，我們這么做的意義在于了解不同功能區(qū)域之間的交流苍在，比如皮層與海馬區(qū)的交流（其實(shí)也可以人為按照形態(tài)學(xué)進(jìn)行區(qū)域劃分做通訊分析），這個(gè)思路當(dāng)然不錯(cuò)荠商，但是具有籠統(tǒng)性寂恬，不太適合直接運(yùn)用到空間轉(zhuǎn)錄組。
思路2莱没、以spot為基點(diǎn)初肉，分析spot vs spot or spot within spot的通訊
這里的思路指的就是以spot為單位分析細(xì)胞通訊，從這個(gè)思路出發(fā)饰躲，分析得到就是細(xì)胞通訊交流的區(qū)域性牙咏，如下圖
從這個(gè)角度而言，做細(xì)胞通訊的精度最高属铁，不僅在spot水平上進(jìn)行通訊的分析眠寿，了解到細(xì)胞通訊的區(qū)域性，精度高于單細(xì)胞（單細(xì)胞把一種細(xì)胞類型看成一個(gè)整體做通訊焦蘑，具有籠統(tǒng)性）盯拱，如果有正常和疾病的樣本，這樣的分析思路可以分析得到細(xì)胞通訊的區(qū)域變化，舉一個(gè)簡(jiǎn)單的例子狡逢，比如我關(guān)注免疫相關(guān)的通訊宁舰，我需要分析spot（也就是空間位置）正常和疾病的免疫通訊的區(qū)域變化，如果是腫瘤樣本奢浑，可能更加明顯蛮艰，（免疫的相同通訊可能遠(yuǎn)離或者接近腫瘤區(qū)域，從而提供很好的臨床借鑒）雀彼。這種方法壤蚜，目前而言，很適合空間轉(zhuǎn)錄組徊哑，既發(fā)揮了細(xì)胞通訊的作用袜刷，又利用了10X空間轉(zhuǎn)錄組帶給我們的空間位置信息，再結(jié)合形態(tài)學(xué)的特征莺丑，對(duì)細(xì)胞通訊的分析堪稱完美著蟹。
思路3、sp with sc 單細(xì)胞的差異配受體結(jié)合空間分析
單細(xì)胞分析得到的差異配受體去空間驗(yàn)證梢莽，這個(gè)方法很多文獻(xiàn)里有這么做萧豆，有其優(yōu)勢(shì)，兩種細(xì)胞類型之間的差異配受體對(duì)在空間上的分析昏名，可以相互驗(yàn)證涮雷，但是缺點(diǎn)很明顯，只是把空間作為一個(gè)補(bǔ)充葡粒，完全忽視了空間位置帶給我們的信息份殿，而且會(huì)遺漏一些信息，比如腫瘤相關(guān)的通訊分析嗽交，空間上可以根據(jù)形態(tài)學(xué)對(duì)腫瘤和正常區(qū)域進(jìn)行劃分卿嘲，從而在spot水平上分析通訊，比如腫瘤區(qū)域內(nèi)的交流是怎樣的夫壁，腫瘤和正常區(qū)域的交流又是怎樣的拾枣，而單細(xì)胞對(duì)腫瘤細(xì)胞只是算法推斷，完全沒有空間形態(tài)學(xué)來的真實(shí)盒让，包括下面提到的空間臨近分析梅肤，沒有空間轉(zhuǎn)錄組，完全做不到的邑茄。
不知道大家對(duì)空間通訊的思路有沒有一個(gè)清楚的認(rèn)識(shí)姨蝴，還是那句話，請(qǐng)保持憤怒肺缕，讓王多魚傾家蕩產(chǎn)左医。
