寫在前面
經(jīng)過了前面的五次IGV改造，我以為這個系列可能就到此為止了倘屹。
然而在近期的數(shù)據(jù)分析過程中慢叨，我們?nèi)匀话l(fā)現(xiàn)了一個新的需求：
在展示sRNA reads的時候拍谐，只看某個長度的reads轩拨，比如植物的miRNA大多是21nt亡蓉，常見的phasiRNAs喷舀，或者全都是21nt，或者全都是24nt
在IGV中爸邢，一個不錯的選項是Group Alignment杠河。使用整個選項，可以做很多事情唾戚，如下：
從選項中颈走，我們可以看到立由，可以基于讀段方向序厉，讀段文庫等進行分組弛房，甚至也可以基于自定義的tag進行分組文捶。
這里存在一個簡單的方法可以實現(xiàn)，按照sRNA reads的長度進行分組种远，即直接在BAM文件操作坠敷，對每一個記錄增加一個tag膝迎，記錄其對應(yīng)的read長度信息限次。這個做法事實上比較OK的柴灯，但是也是比較ugly的。一者是低效懊亡，二者是增加硬盤存儲店枣。
那么解決這個問題最好的做法就是，繼續(xù)改造IGV
改造結(jié)果
昨天晚上闷旧，在與博導(dǎo)討論到某個位點的分析是钧唐，我們覺得有必要單獨查看21nt的sRNA reads。我當(dāng)然不會選擇去對BAM做修改该园。于是拿起IGV里初，改之忽舟。
效果如下：
修改之前叮阅，我們可以看到存在不同長度的reads在AlignmentTrack
在改造中的IGV浩姥，為了更快地看到不同長度的reads及刻，我們在之前已經(jīng)提供了Color Alignments的參數(shù)
可以看到，這個位點是個很不錯的21-nt PHAS位點骆莹，從readLen Track或者是real-time phasing score track都不錯。下面的Alignment Track中存在一些24 nt 和 22 nt的reads丢氢，當(dāng)然還有其他長度的疚察。于是我們使用Group Alignment by sRNA Len
上圖增加了一個Option貌嫡，使用后效果如下
此時别惦，我們當(dāng)然也可以不用Color By ReadLen
對比起一開始的Reads Alignment Track，Phas的情況看起來清晰很多蹭秋。
當(dāng)然仁讨，這個功能或許只有在相對混雜的位點，會更加明顯禽翼。
寫在最后
有時候闰挡，或許很多事情礁哄，跟sRNA位點是一樣的长酗。
需要撥開云霧，才能看到真相桐绒。
修改版IGV的獲取方式
近日有多個朋友聯(lián)系過來夺脾，想要使用這個改造后的IGV。嗯...
我個人的想法是：
- 付費茉继，如資助XiaLab課題組出游一次咧叭，大體價格是3K，那么將獲得本年度（如果還有更細的話）的我經(jīng)手的IGV更新功能烁竭。
- 直接聯(lián)系課題組PI即RX獲取菲茬，課題組主頁為 http://xialab.scau.edu.cn/
