導(dǎo)讀:將上調(diào)和下調(diào)pathway富集結(jié)果以雙向條形圖的形式在一張圖中展示津辩,不僅優(yōu)化了繪圖空間,還通過對稱布局增強(qiáng)了圖片的美觀性构订。
《Cancer cell》文章“Cross-tissue human fibroblast atlas reveals myofibroblast subtypes with distinct roles in immune modulation”fig 2G的雙向條形圖展示了單細(xì)胞特定cluster中炎性和腫瘤成纖維細(xì)胞間差異基因的富集通路結(jié)果齐饮。上半部分的棕色條形表示在炎性細(xì)胞中上調(diào)的富集結(jié)果,下半部分的綠色條形表示在炎性細(xì)胞中下調(diào)(即在腫瘤成纖維細(xì)胞中上調(diào))的Pathway富集結(jié)果胸墙。與傳統(tǒng)的單向條形圖相比,雙向條形圖通過在一張圖中展示正向(上調(diào))和負(fù)向(下調(diào))數(shù)據(jù)按咒,不僅優(yōu)化了繪圖空間的利用迟隅,還通過對稱的布局增強(qiáng)了圖表的美觀性,使得信息的展示更為高效和直觀励七。
1智袭,打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_left_right_bar_plot_100
2,示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)掠抬,下載吼野,并使用excel打開。
示例數(shù)據(jù)包括兩部分:右側(cè)和左側(cè)
右側(cè)數(shù)據(jù)(即畫在上面的)两波,以qvalue從小到大排序
第1列是pathway名字
第2列是qvalue值
左側(cè)數(shù)據(jù)(即畫在下面的)瞳步,以qvalue從大到小排序
第1列是pathway名字
第2列是qvalue值
3,輸入檢查
示例數(shù)據(jù):點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕腰奋,將載入示例數(shù)據(jù)单起。
真實(shí)數(shù)據(jù):數(shù)據(jù)放在excel中,調(diào)整好后劣坊,Ctrl+A選中數(shù)據(jù)嘀倒,Ctrl+C拷貝,Ctrl+V粘貼數(shù)據(jù)到輸入框中。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查测蘑。若檢查不通過灌危,請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟,直到檢查通過(如下圖所示)帮寻,然后可以繼續(xù)選擇參數(shù)乍狐。
注:輸入檢查是新加功能,它會根據(jù)不同模塊的輸入要求固逗,逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)浅蚪,并給出提示,確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求烫罩。
4惜傲,選擇參數(shù)
圖片大小:設(shè)置了圖片寬度贝攒,高度
顏色:設(shè)置了右側(cè)條形顏色和左側(cè)條形顏色
文字大械撂堋:設(shè)置了X軸數(shù)值刻度的文字大小,X軸說明文字的字體大小隘弊,Y軸pathway名字的字體大小哈踱,和圖例的字體大小
說明文字:設(shè)置了右側(cè)數(shù)據(jù)圖例說明和左側(cè)數(shù)據(jù)圖例說明及X軸的說明
條形高度:設(shè)置了條形的高度,越大條形越粗
數(shù)據(jù)是否轉(zhuǎn)換:提供了-log10(針對qvalue,pvalue等)和不轉(zhuǎn)換兩種選項(xiàng)梨熙。若選擇-log10轉(zhuǎn)換开镣,則數(shù)據(jù)必須是qvalue、pvalue等咽扇,同時X軸的說明文字會自動添加-log10字樣
左側(cè)刻度是否變正:由于-log10(p)后是整數(shù)邪财,因此左側(cè)負(fù)的刻度需要變成正的,提供了變和不變兩種選項(xiàng)质欲。文章中為左右兩側(cè)都是正值树埠,這樣更嚴(yán)謹(jǐn)
字體:設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體:Times New Roman和Arial。如需使用其他字體嘶伟,可以下載pdf或者svg圖片怎憋,然后使用acrobat illustrator進(jìn)行編輯修改
5,提交出圖
檢查通過奋早,并且參數(shù)選好后盛霎,點(diǎn)擊“提交”按鈕,約3s后耽装,會在頁面上顯示左右雙向條形圖。我們提供了pdf期揪、svg兩種矢量圖掉奄,png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用⌒战ǎ可以使用acrobat illustrator等軟件編輯矢量圖诞仓,進(jìn)行組圖,調(diào)整文字位置速兔,添加說明等操作墅拭,以滿足個性化需求。
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